耶鲁大学和杜克大学相比的话，整体上来看耶鲁大学要好一些。耶鲁大学以人文社科、法律、公共政策、艺术及基础学科最有名，理工科在美国顶级院校里相对较弱。杜克大学多个学科包括生物科学、统计学、人文科学、公共政策、心理学、计算机科学、政治学、工程学等排名全美前列，其中商学院、法学院和医学院位列美国前十。

2021年QS世界大学排名，耶鲁大学排第17位，杜克大学排第42位；2020年U.S. News世界大学排名，耶鲁大学排第12位，杜克大学排第22位；2021年泰晤士高等教育世界大学排名，耶鲁大学排第8位，杜克大学排第20位；2020年软科世界大学学术排名，耶鲁大学排第11位，杜克大学排第27位。