京都大学现共有10个学部，分别是：

综合人知学部：含人类科学系、国际文明学系、文化环境学系、认知情报学系、自然科学系；

文学部：含人文学科；

教育学部：含教育学、社会学、心理学3系，共14个讲座；

法学部：仅有法律学一个系，含公法、民刑法、基础法学及政治学4科，共39个讲座。附属图书馆中设国际政治法律文献中心；

经济学部：含经济学、经营学2系，共11个讲座；

理学部：该学部几乎包括自然科学各个领域，包括数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系，共70个讲座。各系既相互独立又相互交叉。设施有两个天文台，8个火山、地震、气候、天体学等方面的观测所，4个海洋实验所，一个植物园等；

医学部：含有基础和临床两大分部的若干系科，共有39个讲座。附属机构有校医院、脑神经研究、免疫学研究设施、人体先天异常标本中心、综合解剖中心、动物实验设施等；

工学部：学部含24个系，168个讲座。研究领域涉及冶金、电气、自动化、航空、机械、原子能、土木建筑、化工、交通、信息工程等。附属机构有离子工程、自动化研究所、环境微量污染防治、重质炭资源转换等工程研究设施；

药学部：含药学、制药化学两系，共13个讲座，附设药用植物园；

农学部：含10个系，53个讲座，并有附属农场、林场、牧场、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等方面进行研究的设施等。