加州大学圣地亚哥分校设有5个学术型研究学部（Division）和5个专业型研究学院（School），提供研究生学位教育和本科专业课程。

学术型研究学部包括：

1、艺术人文学部（Art and Humanities）

2、生物科学学部（Biological Sciences）

3、物理科学学部（Physical Sciences）

4、社会科学学部（Social Sciences）

5、斯克利普斯海洋研究院（Scripps Institution of Oceanography）