乌得勒支大学共有七大学院，包括不同领域的系所，涵盖所有知识领域的课程，是荷兰课程设置相当全面的大学。

地球科学院（Faculty of Geosciences）

主要开设地球物理学、地质学、地球化学、人文地理以及能源环境可持续发展研究等领域的课程。

理学院（Faculty of Science）

主要开设分子细胞生物学、遗传学、化学、政策、数学及计算机科学、免疫药学、天文、气象、物理和海洋学等相关领域的课程。

医学院（Faculty of Medicine）

主要开设医学和医学生物学领域的课程，研究课题有神经肽、大脑功能和行为、免疫学和传染、分子细胞生物学和膜，脱氧核糖核酸、发展生物学与遗传失调，功能形态学和生物物理学诊断法以及生物学、流行病学和癌症治疗。

兽医学院（Faculty of Veterinary Medicine）

主要开设兽医学领域的课程。

社科学院（Faculty of Social Sciences）

主要开设一般社会科学、社会心理学、文化人类学、教育科学等领域的课程，研究课题主要有感知与认识研究、发展中国家研究、公民的权利和义务研究、机构与政策研究、生活过程与境遇研究、公共卫生研究、教育研究以及解释社会学等。

法律、经济和管理学院（Faculty of Law, Economics and Governance）

主要开设荷兰法、公证法、国际法、管理法、公共管理、工商管理、宏观经济等领域的课程，研究课题有：人权法、社会与经济法、比较法、规划法和环境法等。

人文学院（Faculty of Humanities）

主要开设文科、一般语言学、一般文学和比较文学、语音学、荷兰语、法语、意大利语、西班牙语、葡萄牙语、德语、英语、印度及伊朗语言和文化、土耳其语言和文化、阿拉伯语言和文化、现代波斯语言和文化、历史、艺术史、音乐研究、戏剧研究以及中世纪研究、哲学和认识人工智能、神学及宗教等领域的课程，研究课题主要有：语言、言语和逻辑、中世纪研究，整体编史工作以及20世纪的文化体系、逻辑和哲学史、早期天主教的背景、新教史、哲学神学和古代犹太人文学等。