哥本哈根大学六大学院为：健康与医药科学学院、人文学院、法学院、理学院、社科学院、神学院。

哥本哈根大学起初有五大学院，它们分别是：神学院、社科学院、健康学院、人文学院和理学院，以及一个校外的口腔中心。所有本科课程以丹麦语授课为核心，且学生入学后每学期都有充分的英语课程，能获取学分。哥本哈根大学设有超过100个科系或中心以进行教学与研究工作，各个科系划分成不同专业，不少专业在研究生阶段又细分为不同的专攻 (Specialization) 。经过不断的调整与2012年的院系归并，才发展为现今的六大学院。