东京大学设有15个研究生院，为学生提供了独特的学习和研究机会。

东京大学研究生院是：农学生命科学研究科、综合文化研究科、经济学研究科、教育学研究科、工学系研究科、新领域创成科学研究科、人文社会系研究科、情报理工学系研究科、情报学环·学际情报学府、法学政治学研究科、数理科学研究科、医学系研究科、药学系研究科、公共政策大学院（公共政策学联合研究部·教育部）、理学系研究科。