柏林自由大学学院设置：

生物、化学和医药学院（Department of Biology, Chemistry, and Pharmacy）

教育学与心理学学院（Department of Education and Psychology）

地球科学学院（Department of Earth Sciences）

历史文化学院（Department of History and Cultural Studies）

数学与计算机科学学院（Department of Mathematics and Computer Science）

哲学与人文学院（Department of Philosophy and Humanities）

物理学院（Department of Physics）

政治学与社会科学学院（Department of Political and Social Sciences）

法学院（Department of Law）

兽医学院（Department of Veterinary Medicine）

经济学学院（Department of Business and Economics）

柏林夏里特医学院（Charité - Berlin School of Medicine）：柏林自由大学与柏林洪堡大学合作学院