哥本哈根大学的学制为本科三年，毕业可获学士学位，继续攻读两年可获硕士学位。博士学位一般至少三年完成，但神学、医药学、牙医学会有所区别。绝大多数学科都可以授以相当于从学士到博士的学位。

欧洲学分转换系统 (ECTS) 亦在哥本哈根大学适用。另外，还设有普通教师资格证书课程，学制2年；大学教师资格证书课程需学习7～8年。

一学年分为两个学期，秋季学期为9月到翌年1月，春季学期从每年2月开始到6月结束。