庆应义塾大学面向本科生教育的10个学部是：文学部、经济学部、法学部（法律学科，政治学科）、商学部、医学部、理工学部、综合政策学部、环境信息学部、护理医疗部、药学部。另外还有日本大学中规模较大的函授部。

庆应义塾大学研究生院设有文学研究科、经济学研究科、法学研究科（法律，政治）、社会学研究科、商学研究科、医学研究科、理工学研究科、政策传媒研究科、经营管理研究科、健康管理研究科、药学研究科、系统设计管理研究科、媒体设计研究科、法务研究科（法科大学院）等14个研究科。

庆应义塾大学研究所有：语言教育研究所、新闻研究所、经济研究所、斯道文库（东亚文化研究所）、体育教育研究所、计算机教育研究所等，此外还有语言视听教育中心、电脑中心、师资培训中心、福泽谕吉研究中心（现代日本研究中心）、体育医学研究中心、电子显微镜研究室和地域研究中心等全校共同使用的研究设施。