在日本大学院的专业划分中，生物信息学只是生物学相关专业的一个分支，相关的研究室会分布在理学研究科，药学研究科，医学研究科和农学研究科。

大致来说，理学农学做生物基因组和进化比较多；药学做蛋白质结构相关比较多；医学做临床数据分析的比较多；情报理工的可能做软件工具和算法开发的比较多，融合学科类可能就是什么都做。建议在选择专业的时候，多看一下每个研究室的研究内容。

推荐院校：东京大学、京都大学、东京工业大学、大阪大学、东北大学、早稻田大学、筑波大学、横滨市立大学。