日本船舶与海洋工程专业，大致可分为船舶系、海上海洋系以及环境系三种：船舶系的学习内容以船舶的设计、建造等造船技术为中心，也包括用于海洋开发的各类设备等；海上海洋系主要与海洋开发相关的领域，以及海上运输系统、国际物流、后勤相关领域；环境系以环境保护与人类共存的课题为轴心，学习海洋环境、资源管理、水域利用等方法和技术。

日本目前开设船舶与海洋工程专业的大学有多所，国公立有：东京大学，大阪大学，九州大学，横滨国立大学，大阪府立大学，广岛大学，东京海洋大学，神户大学，其中东京大学只有研究生课程；私立有：东海大学，长崎综合科学大学。