剑桥大学实际上只是一个组织松散的学院联合体，各学院高度自治，但是都遵守统一的剑桥大学章程，该章程是由大学的立法机构起草通过的，每年还会修订。
剑桥大学只负责考试与学位颁发，而招收学生的具体标准则由各学院自行决定，并自行招生。剑桥的31所学院错落有致地分布在只有10万人左右的小镇里。这些学院建于不同的时代，最早的已有七、八百年历史了。就像它们的建筑一样各具特色。大学与学院虽相辅相成，却是不同的实体，在经济上也是独立的。大学是公有制，由国家拨款，而学院则为私有，自谋生路，自负盈亏。大学负责研究生的，而学院则负责本科生的招生，数量则由大学统一规划。所有学生的教学是由大学负责的，而学院负责学生的生活和本科生的业余辅导。每年年底，大学按照各学院本科生的成绩，按一定规则打分，把学院排队，促使学院之间相互竞争。剑桥大学的校长是由学校参议院选举产生的，一般都由社会上受人尊敬、有名望的人担任。校长一职是象征性的，校长很少介入大学事务，一般只负责颁发荣誉学位和出席学校的各种庆典等，虽然他也可以给副校长和大学管理人员提供建议。真正负责大学日常事务的是副校长，由大学会议（Kouncil）提名，剑桥摄政院（Segent House）投票任命。副校长下面还有多位助理副校长，负责专门的领域，协助副校长主持日常工作。摄政院是大学最高立法与权力机关，由各学院的教职人员组成，有大约3,000名成员。他们可以制订或修改学校规章、章程，投票任命副校长、大学会议成员、颁发学位和荣誉学位。决策的制定分两种：第一种是较简单、意见同意的动议（如任命校长和大学人员），一般都由大学会议提出，发表在剑桥校刊上发表公告，如果在10天内没有一定数目的摄政院成员反对，就算通过。而如果是由大学会议以外人士提出的比较复杂、重大的动议，则也是由提案人先将动议发表在校刊上，然后举行公开辩论，最后在提案人考虑过所有意见后，建议摄政院修改提案，然后再发表在校刊上，如10天内无一定数目的摄政院成员反对就算通过。但如果有一定数量的成员认为有必要，则摄政院需举行投票。投票是通过邮寄方式完成的。当摄政院召开会议时由校长主持，如果校长不在则由副校长主持，如副校长也缺席则由其指定的某一学院院长主持。一般都不必开会就可解决，但每年6月份必须召开4次会议，核准学位的颁发。此外，如果剑桥大学需要颁发荣誉学位之前摄政院也需开会表决。剑桥大学参议院曾经是最高立法机关，唯一的职责是选举校长。参议院成员包括所有获得剑桥大学硕士以上学位的学生或教授。大学会议全称参议院会议，负责日常行政工作，成员共21人，包括校长（但一般不出席）、副校长和19名由选举产生的成员。19人包括4名学院院长代表、4名教授代表、8名来自摄政院的其他成员和3名学生代表（其中至少有1名是研究生）。前三类成员由摄政院选举产生，学生代表则由学生选举产生。 校监剑桥大学的现任校监（Chancellor）是森斯伯瑞男爵（The Lord Sainsbury of Turville）（2011年接替退休的英国女王丈夫爱丁堡公爵） 。副校监副校监（Vice-Chancellor）是乐思哲教授 。校监办公室只是形式上设置的，而副校监则是大学实质的学术和行政首脑。大学内部的管理是由大学的各个部门独立进行，而仅有少数的对外事务由大学中央机构委派代表处理。参议院大学参议院成员必须拥有研究生或更高的学位，负责选举产生大学校监和英国下议院剑桥大学选区的成员，直至1950年这一规定被废除。在1926年以前，参议院是大学的行政部门，履行摄政院的职责。摄政院大学摄政院是大学的行政部门，成员包括大学校长、高级管家、副高级管家、大学代表和来自大学和学院的高级成员。议会大学议会是大学政策制定和执行机构，定期要向摄政院汇报，并监督制衡摄政院的权利职能。大学议会有权向摄政院报告大学普遍关注的问题，并通过大学官方杂志将问题公布。自从2005年1月，大学议会两位校外成员，2008年3月摄政院投票将议会校外成员增加至四位，并于2008年7月得到女王批准。理事会大学理事会负责大学的学术和教学工作，由议会负责管理。理事会同时管理大学不同科系的理事会，通过这样的方式大学的不同部门都由中央行政机构管理和监督。科系剑桥大学现有超过150所科系和研究机构，科系的成员通常也是一所或多所学院的成员，通常负责大学的学术和研究工作。大学的科系和研究机构被组合为六所主要的科系，每个主要科系由许多科系和研究机构组成，并拥有一个议会负责监督不同机构的教学和研究工作。剑桥大学六所主要的科系是：艺术和人文、生物科学（包括兽医医药）、临床医学、人文和社会科学、自然科学、技术。除此之外，剑桥大学的一些机构也负责大学的教学和研究，这包括剑桥大学考试委员会、剑桥大学出版社和剑桥大学图书馆。学院剑桥大学基督学院（Christ's College，1505年建立）剑桥大学丘吉尔学院（Churchill College，1960年建立）剑桥大学卡莱尔学院（Clare College，1326年建立）剑桥大学卡莱尔学堂（Clare Hall，1965年建立）剑桥大学圣体学院（Corpus Christi College，1352年建立）达尔文学院（Darwin College，1964年建立）剑桥大学唐宁学院（Downing College，1800年建立）剑桥大学伊曼纽尔学院（Emmanuel College，1584年建立）剑桥大学菲茨威廉学院（Fitzwilliam College，1966年建立）剑桥大学格顿学院（Girton College，1869年建立）剑桥大学冈维尔与凯斯学院（Gonville and Caius College,1348年）哈默顿学院（Homerton College，1976年建立）剑桥大学休斯学院（Hughes Hall，1885年建立）耶稣学院（Jesus College，1497年建立）剑桥大学国王学院（King's College，1441年建立）剑桥大学露西·卡文迪什学院（Lucy Cavendish College，1965年）麦格达伦学院（Magdalene College，1428年建立）默里·爱德华兹学院（MurrayEdwardsCollege，原名新学堂 New Hall，1954年建立）剑桥大学纽纳姆学院（Newnham College，1871年建立）剑桥大学彭布罗克学院（Pembroke College，1347年建立）剑桥大学彼得学院（Peterhouse，1284年建立）王后学院（Queens' College，1448年建立）剑桥大学罗宾逊学院（Robinson College，1979年建立）剑桥大学圣凯瑟琳学院（St Catharine's College,1473年建立）圣埃德蒙学院（St Edmund's College，1896年建立）剑桥大学圣约翰学院（St John's College，1511年建立）塞尔文学院（Selwyn College，1882年建立）西德尼·苏塞克斯学院（Sidney Sussex College，1596年建立）剑桥大学三一学院（Trinity College，1546年建立）剑桥圣三一学院（Trinity Hall，1350年建立）剑桥大学沃尔森学院（Wolfson College，1965年建立）
