1582年，与早年许多在教廷特许（Papal Charter）下成立的大学不同，爱丁堡大学在苏格兰国王詹姆斯六世（James VI）的特许（Royal Charter）和爱丁堡市议会(Town Council)的资助下展开筹建。

翌年，大学正式成立，作为欧洲宗教改革运动之后的第一所市立大学（Civic University），其最初的名称是“唐尼斯学院”（Tounis College），是苏格兰的第四所也是整个英语圈的第六所大学。在18世纪欧洲启蒙运动的浪潮中，爱丁堡大学逐渐成为学术中心和欧洲主要大学之一。著名的大哲学家大卫·休谟（David Hume）年轻时便在学校受教和成长。在1789年老学院（Old College）兴建之前，学校并没有专属的校园，如今这座建筑物仍然屹立于爱丁堡老城（Old Town）的南桥街（South Bridge）和钱伯街（Chamber Street）交接处，当初它的设计者是著名建筑家罗伯特·亚当（Robert Adam）。爱丁堡大学在欧洲启蒙时代具有相当重要的领导地位，使爱丁堡市成为了当时的启蒙中心之一，享有“北方雅典”之盛名。其著名校友包括：自然学家查尔斯·达尔文、物理学家詹姆斯·克拉克·麦克斯韦、经济学之父亚当·斯密、大哲学家大卫·休谟、启蒙思想家亚当·弗格森、数学家托马斯·贝叶斯、作家阿瑟·柯南·道尔和J·K·罗琳、发明家亚历山大·贝尔、英国前首相戈登·布朗、美国独立宣言签署人约翰·威瑟斯庞和本杰明·拉什以及被称为“清末怪杰”的华人奇才辜鸿铭。爱丁堡大学产生过21位诺贝尔奖获得者、2位图灵奖获得者、1名阿贝尔数学奖获得者 。爱丁堡大学与英国皇室之间保持者非常良好关系，菲利普亲王（His Royal Highness, The Prince Philip, Duke of Edinburgh）从1953到2010年担任校监（爱丁堡大学荣誉校长） ，2011年3月至今则由安妮公主（The Princess Royal）就任 。爱丁堡大学既珍惜往日的荣誉，又在今天不断地追求、创新，以其出色而多样的教学与研究而享誉世界。爱丁堡大学分旧学院（Old College）和新学院（New College）两部分，其中旧学院目前是法学院和欧洲研究所所在地。附近有麦克尤恩礼堂（McEwan Hall），是维多利亚农业丰收的象征建筑，内设有2200个座位，专门为举行毕业典礼及一些大型正式的洽谈会所设。新学院位于蒙德山顶，俯瞰王子大街，神学院位于该地。爱丁堡大学有3个主要的校区：乔治广场（George Square）、国王大厦（King's Buildings） 和波洛克大厅（Pollock Halls）。旧学院的一些原始建筑可追溯到1776年，但大多数建筑是现代的。乔治广场区还有爱丁堡大学的主图书馆（Main Library）；国王大厦区位于乔治广场以南约3公里处，大多数科学和工程学院位于该区，如电子工程学院、生态学院、工程信息学院以及一些政府科研机构。这些建筑多数建于1920年代，50至60年代扩建，并增设了气象学系、物理天文系以及大学计算机服务设施；波洛克大厅由10个独立的现代大厅组成，可供近2000名学生居住。如今，爱丁堡大学在英国乃至全世界一直享有较高的声誉。爱丁堡大学是最早名列罗素集团（Russell Group）的综合型大学之一，同时还是科英布拉集团和Universitas 21的创建成员之一，也是欧洲研究型大学联盟（LERU）成员，它在教学和科研方面都享有较高国际声誉。