澳门大学与多所中国内地及香港、 的大学进行合作交流，内容包括科研合作、学者互访、学生交流以及合办学术活动与课程等。

2015年起，澳门大学与南方科技大学合作联合培养博士生，修读年限为三至五年。前1.5年在澳门大学修读课程，其余时间在南科大完成科研任务，最后在澳门大学完成论文答辩，授予澳门大学学位证。 2016年，中国科学院上海药物研究所与澳门大学中华医药研究院签订联合培养研究生合作协议。中科院微生物研究所与澳门大学健康科学学院签署关于成立“健康认知与免疫学重点实验室”合作意向书。 该校与珠海市政府积极合作，共同建立全面紧密合作关系，在教育、科研、人才培养等方面加强合作。2016年，澳门大学和珠海市人民医院强强联合成立精准医学诊疗中心，并聘请生命科学研究领域知名专家、澳门大学健康科学学院院长邓初夏教授和南方医科大学张民强教授为医院特聘教授。根据《泰晤士高等教育》公布2014/15年度世界大学排名榜，澳门大学晋身世界大学前300名，位列276至300名之间。 根据《泰晤士高等教育》公布2015年「全球创校50年内最佳100所大学排行榜」，澳门大学跻身第39名。 在2014年QS亚洲大学排名中，澳门大学排名亚洲201至250位。2014年上海交通大学“世界一流大学研究中心”发布2014年“中国两岸四地大学百强排名”，澳门大学位列澳门特区第1位。 2013年上海交通大学发布的两岸四地大学排名中，澳门大学位列港澳地区第7位，澳门特区第1位。 2015年，由中国校友会发布的“两岸四地大学星级排名“显示，澳门大学获得五星级-中国一流大学(★★★★★)，名列澳门地区第1位，港澳台地区第5位。2014年，在中国校友会发布的两岸四地大学星级排名中，澳门大学被评为五星级-中国一流大学(★★★★★)，名列澳门地区第1位，港澳地区第4位。