工程硕士和专业硕士的区别主要有：

1、人才培养方向不同：专业型硕士培养应用型和工程研究型人才，工程硕士是培养学术研究型人才。

2、就业发展方向不同：工程硕士主要是去研究所搞研发工作，专业硕士主要是进入企业发展，就业更灵活，发展空间更大。

3、学制不同：专业型硕士一般2至3年，其中不少于半年的实习期，工程硕士基本上以学习理论为主，学制一般为3至5年。材料补充：工程硕士属于专业硕士的一种，是工程类专业，分为全日制工程硕士和非全日制工程硕士。工程硕士专业学位是指工程领域任职资格相联系的专业性学位，与学术硕士的工学硕士处于同一层次，但类型不同，各有侧重。工程硕士专业在招收对象、培养方式和知识结构与能力等方面，与工学硕士有不同的特点。工程硕士招收对象主要为获得学士学位后具有三年以上工程实践经验的优秀在职人员。获得学士学位的应届大学本科毕业生考取攻读工程硕士专业学位，亦可进行工程硕士专业学位论文（设计）答辩。