哈卡斯国立大学成立于1939年，当时名为阿巴坎教师学院，1994年大学获得了大学资质改为哈卡斯国立大学。

今天，哈卡斯国立大学是哈卡斯高等教育、科研和文化的中心，在成立的60多年间，学校得到了长足的发展，现在学校共有12个学院，4个系，61个教研室，5个专科学院，1个分校，4个代办处，研究生院，9个学士研究实验室等。