吉林大学于2000年6月12日由原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建而成。

2004年8月29日，原中国人民解放军军需大学并入吉林大学。合并前的六所学校，都有着光荣的历史。原吉林大学的前身是始建于1946 年的东北行政学院，1950年更名为东北人民大学，1952年经院系调整成为我党亲手创建的第一所综合性大学，1958年更名为吉林大学。1960年，吉林大学被列为国家重点大学。学校多年来为国家培养了大批优秀的高素质人才，取得了许多重大的高水平科研成果，是国家基础科学研究和高层次人才培养的重要基地之一。原吉林工业大学的前身是始建于1954年的长春汽车拖拉机学院，1958年更名为吉林工业大学，是一所以汽车和农机为优势和特色，工、管、理、文相结合的多学科全国重点大学，是我国汽车工业和机械工业培养高层次人才的重要基地之一。原白求恩医科大学的前身是创建于1939年的晋察冀军区白求恩卫生学校和第十八集团军卫生学校。1948年与北方大学医学院合编为华北医科大学，1951年命名为中国人民解放军第一军医大学，1959年更名为吉林医科大学，1978年更名为白求恩医科大学。学校为国家培养了大批医学人才，造就了许多著名的医学专家，取得了丰硕的科研成果。原长春科技大学的前身是创建于1951年的长春地质专科学校，1952年院系调整时成立东北地质学院，1958年更名为长春地质学院，1997年更名为长春科技大学。是一所办学特色鲜明的多学科全国重点大学，为国家培养了大批矿产资源普查、勘探、开采、保护和综合利用方面的人才，并丰富了我国地球科学的理论研究。原长春邮电学院是我国东北地区唯一一所信息通信类工科高等学校。学院于 1947 年创建于黑龙江省佳木斯市，1955 年更名为长春电信学校，1960年更名为长春邮电学院，是一所办学条件较为完善、学科新、发展势头较好的学校，为国家培养了一批又一批信息通信类人才。原中国人民解放军军需大学的前身是创建于1953年的中国人民解放军兽医大学，1992年更名为农牧大学，1999年更名为军需大学，是一所以军事兽医教育和军事后勤教育为特色的高等军事学校，培养了大批高素质的军事后勤人才。 吉林大学学科门类齐全，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、军事学等全部12大学科门类；有本科专业122个，一级学科学位授权点28个，硕士学位授权点278个，博士学位授权点191个，博士后科研流动站30个；有一级学科国家重点学科4个（覆盖17个二级学科），二级学科国家重点学科15个，国家重点（培育）学科4个。学校师资力量雄厚，有教师6360人，其中教授1298人 ，博士生指导教师737人 。 有中国科学院和中国工程院院士20人( 双聘7人) ，国务院学位委员会委员2人，国务院学位委员会学科评议组成员16人，中央马克思主义理论研究和建设工程项目首席专家4人，国家“973”项目首席科学家2人，国家有突出贡献的中青年专家14人，国家杰出青年基金获得者20人，教育部“长江学者奖励计划”、“长江学者和创新团队发展计划”入选者21人。 学校拥有221个具有现代化研究手段的实验室，其中教育部人文社会科学重点研究基地6个，“985工程”二期建设哲学社会科学创新基地5个，“985工程”二期建设科技创新平台8个，国家工程实验室1个，国家重点实验室6个，教育部重点实验室10个，其他部委重点实验室14个。学校承担了大量***和省部级科研项目，有一批产业化前景好、技术含量高的国家攻关项目、“863”项目、“973”项目等高新技术成果。 吉林大学是首批建立研究生院的22所大学之一，现已建立起学士－硕士－博士完整的高水平人才培养体系。在校全日制学生59490人，其中博士生、硕士生19026人，留学生1362人，另有成人教育学生18858人。 学校对外交流广泛，校际合作紧密，已与美国、德国、韩国等40多个国家和地区的130余所院校和科研机构建立了合作交流关系。先后与德国图宾根大学、荷兰阿姆斯特丹大学、俄罗斯托木斯克理工大学、美国佛罗里达大学、加拿大滑铁卢大学、韩国高丽大学等世界知名高等学府建立了校际关系。 学校科技园已被确定为国家大学科技园。校办产业蓬勃发展，被誉为“民族的软件骄子”的长春吉大正元信息技术有限公司等一批校办产业落户于与长春高新技术产业开发区毗邻的学校科技园内，与新校园连为一体，有望发展成为高科技产业群。 吉林大学校园占地面积622万多平方米，校舍建筑面积近328万平方米。现有6个校区8个校园，分布在长春市的不同方位。新铺设的光缆和计算机网络把所有校区连为一体，使网上办公、远程教育等更加便捷。学校在珠海市新建珠海校区，占地面积330多万平方米，一期建筑面积12. 5万平方米 。学校图书馆各类藏书614万册，已被确定为联合国教科文组织 、联合国工业发展组织和世界银行的藏书馆。经教育部批准建设在我校的 CALIS东北地区中心为全国七大中心之一。吉林大学已成为我国目前办学规模最大的高等学府，在人才培养、科学研究、学科建设、师资队伍等方面呈现出更加广泛的发展前景。 2005年末，学校圆满召开了第十二次党员代表大会，通过了《吉林大学章程》。同时进一步明确以“ 人才强校、学科兴校、依法治校、勤俭持校”为战略抓手，到2010年，使我校在人才培养、科学研究、学科专业、师资队伍、管理体制、校园文化等方面都有明显优势和特色，整体学科达到国内先进水平，重点建设学科达到国内领先水平，部分学科领域达到或接近世界先进水平，建设成为国家高素质创新人才培养、高水平科学技术研究和成果转化、高层次决策咨询的重要基地，成为一所国内领先、国际知名的高水平研究型大学。