大学院系：医学系、口腔医学系、运动医学系、护校、研究生医学系、国际学生预科系、大学预科教育系。

大学由70个教研室、14个临床诊所、4个科研所（药理学、心脏病学、肾脏学、肺病学）组成。医学系和运动学系学期为6年，口腔医学系学期为5年。在第一年和第二年继续补充化学、物理和生物方面的知识，并学习人体解剖、人体组织与官能、控制生物体活动的法则、生物体内的生物化学与调节过程。第三年重点学习生物体的普通病理学和症状学。药理学课程作为内科和普通外科和预备教育课程。第四、五、六年重点是在设备齐全的医院、产房、门诊诊所和急救站进行有组织的临床医学训练。巴甫洛夫国立医科大学附属医院有2000多个床位和一个大型的门诊部，专业是肾病学、肺病学、心脏病学。