澳大利亚国立大学共有七大学院：人文艺术和社会科学院（College of Arts and Social Sciences）、物理和数学科学院（College of Physical & Mathematical Sciences）、医学生物和环境学院（College of Medicine, Biology and Environment）、工商和经济学院（College of Business and Economics）、工程和计算机科学院（College of Engineering and Computer Science）、亚洲和太平洋学院（College of Asia and the Pacific）、法学院（College of Law）。学院底下设有研究院（Research Schools），研究院除了进行学术研究外，也肩负研究生和大学生的教学。学院另行下辖的教学学院和院系（Schools）则以提供教学为主。有些学院还设有研究所/学会（Institute）和智库中心（University Centres），如担任联邦政府智库角色，并专注于学术研究。ANU高阶研究中心与学院附设智库中心等校内研究组织，会依照联邦政府需求或研究需要而进行不定期的整并或新设。最新的ANU学术架构请参阅澳大利亚国立大学官方网站：ANU详细学院学术架构或ANU学院架构。人文艺术和社会科学院人文艺术和社会科学院（College of Arts and Social Sciences）分为社会科学研究院（Research School ofSocial Sciences、RSSS）和人文艺术研究院（Research School of Humanities and the Arts、RSHA）。其中，社会科学研究院致力于历史、哲学、社会学、政治学和国际关系、中东研究、拉美研究等领域。人文艺术研究院则涵盖艺术、音乐、人类学、考古学、古典文学、艺术史、英语文学、戏剧、电影研究、性别研究、语言学、欧洲语言等领域。欧洲研究中心澳大利亚国立大学欧洲研究中心（ANU Centre for European Studies；ANUCES），隶属ANU人文与社会科学学院。由欧盟委员会（European Commission）和ANU共同成立。2011年9月欧盟委员会**若泽·曼努埃尔·巴罗佐（José Manuel Dur漀 Barroso）到澳大利亚访问期间，特地安排前往ANUCES访问并举行公开演说。澳大利亚国家辞典中心澳大利亚国家辞典中心（Australian National Dictionary Centre；ANDC），是由澳大利亚国立大学与牛津大学于1988年共同成立，合作研究澳大利亚英语，成果委由牛津大学出版社出版澳大利亚英语字典。ANU是亚太地区的语言学研究与教学之重镇，2012年在世界大学语言学领域排行第9名（参考条目：语言学领域大学排行列表），包括标准汉语、广东话、蒙古语、 南岛语、日语、韩语、泰语、马来语等等；ANU也是自然语义理论（Natural Semantic Metalanguage；NSM）学派的大本营。物理和数学科学院物理和数学科学院（College of Physical & Mathematical Sciences）包括天文和天体物理学研究院（Research School of Astronomy and Astrophysics）、物理工程研究院（Research School of Physical Sciences and Engineering；RSPE）、化学研究院（Research School of Chemistry）、数学研究院（Mathematical Sciences Institute）、地球科学研究院（Research School of Earth Sciences）和澳大利亚国家公众意识科学中心（Australian National Centre for the Public Awareness of Science；CPAS）。公共意识科学中心：澳大利亚国家公众意识科学中心（Australian National Centre for the Public Awareness of Science；CPAS），是澳洲国立大学的众多研究中心之一，同时也是联合国教科文组织（UNESCO）在亚太地区的重要合作伙伴与据点。以科学传播（Science Communication）方面的研究而闻名。医学生物和环境学院医学生物和环境学院（College of Medicine, Biology and Environment）包括约翰科廷医学院（John Curtin School of Medical Research；JCSMR）、澳大利亚国立大学医学院、环境社会研究院和生物心理和人口健康研究院。工商和经济学院国立管理学研究生院（National Graduate School of Management；NGSM），曾经是ANU最主要的商学院（Business School），1994年创立后一直以企管硕士（MBA）闻名于海内外。2006年ANU进行全校学院架构改组，NGSM与原本的经济学与商务学院（Faculty of Economics and Commerce）一起并入新成立的ANU商学与经济学院（ANU College of Business and Economics；CBE）。2011年底，CBE提案经校务委员会审核同意，进行组织再造，将其下辖的四个学群（Schools），全部升格并改名为研究院（Research Schools）。教学与学术评价2000年，在《亚洲周刊》中，商学院获得亚太地区排名前10大。2000年，在《澳洲优秀大学指南》中，商学院获得最高等级之五星级评价。2003年，国际经济学百大榜，澳洲第1名。共两所澳洲大学入榜。2004年，全球统计学排名第33名，澳洲第1名。经济学全球第56名，澳洲第2名。2005年，亚太地区会计学排名，前10名。2006年，墨尔本大学高等教育品质排名，ANU商学院排行全澳洲前3名。2007年，获得澳洲联邦政府教学卓越（Excellence of Teaching）最高等级之A1排名。QS 2015/16 会计与金融专业排名世界第25；商科与管理专业排名世界第36; 统计与运筹专业排名世界第48。清华大学－澳大利亚国立大学管理硕士学位教育项目自2004年开始招生，由北京清华大学与澳大利亚国立大学（ANU）两大世界名校联手，经中国教育部与国务院学位委员会批准，始合办管理硕士课程（Master of Management Program），为中国各行各业的中壮年高阶管理人员提供国际化的在职专班进修机会。授课地点在北京清大，由清大负责基础课程教学；ANU则支援核心课程，定期派遣商学院的讲师和学者至中国进行短期教学。学员依规定完成课程与学位论文、论文答辩考核后，可获清华大学“创新管理研究生课程进修项目结业证书”与ANU“管理硕士学位证书”，主修为：科技与创新（Technology and Innovation）。此主修是ANU为这项中澳合作课程专设与专用。