农业是新西伯利亚州传统经济部门，40年代农工综合体产值约占该州总产值的80%。

如今由于工业和其他经济部门的发展，农业产值占该州总产值的比重有所下降（1990年为21.7%）。该州乳肉畜牧业、养禽业、养蜂业、养猪业、养羊业比较发达，在部分地区人们还从事养马业、养兽业和养鱼业。此外，亚麻和醋柳(沙棘果)油生产在该州也占有一定地位。1998年农业产值为63.971亿卢布（农业产值占全俄的2.3%），其中种植业产值为27.611亿卢布、畜牧业产值为36.36亿卢布。近些年农业产值下降幅度比全俄平均水平要小，与种植业相比，畜牧业产值下降幅度较大。该州农作物播种面积为269.13万公顷，其中粮食作物占播种面积的大部分。1粮食作物占播种面积的63.3%，主要的粮食作物是春小麦、秋小麦。此外这里还种植燕麦、黑麦、荞麦、豌豆、黍等。饲料作物占播种面积的33.6%；马铃薯、蔬菜和瓜类作物约占播种面积的2.4%；经济作物播种面积为0，7%主要以亚麻、芥、向日葵为主。果园里则种植着穗醋栗、沙棘果、马林果、苹果等，南部地区还种植西瓜。从1985年到1998年10多年间种植业产品中粮食作物产量士幅度下降。1985年粮食作物产量为290.45万吨，1998年下降到161.54万吨。蔬菜产量明显增加，1985年为17.45万吨，1998年为23.24万吨。近些年来由于饲料作物种植面积缩小，牲畜存栏数大大减少，1985年牛的存栏数为173.16万头，1998年减少到86.2万头，其中奶牛的存栏数从61.71万头下降到38.51万头。同期猪的存栏数从60.5万头下降到40.06万头。肉类产品产量从1985年的20.44万吨下降到1998年的13.48万吨，牛奶产量从138.55万吨下降到87.38万吨。与粮食、肉、奶产品产量下降幅度相比，上述产品的人均消费量下降幅度要小一些，例如，肉及肉类制品人均消费量1985年为68公斤，1998年为52公斤；牛奶及奶制品相应为338公斤和268公斤。马铃薯、蔬菜和瓜类作物人均年消费量在此期间没有太大变化：马铃薯人均消费量1985年为141公斤，1998年为155公斤；蔬菜和瓜类作物相应为100公斤和86公斤。