新西伯利亚州是西伯利亚重要的工业区之一，工业一直是其重要经济部门。

改革前的1990年其工业产值占该州总产值的54%，在改革这些年中新西伯利亚州工业生产规模大大缩小。1991-1998年工业产值缩减了64.5%，超过了全俄工业下滑速度。1998年新西伯利亚州工业产值为157，3亿卢布，占全俄工业产值的1.1%。工业产值与农业产值之比由1990年的3.9:1下降到 2.3:1，该州工业部门以机器制造业和金属加工工业为主。此外，电力工业、食品工业、化学工业、黑色冶金和有色冶金业也很发达。工业企业主要生产电工技术设备、仪器仪表和冶金设备等。1998年在该州工业部门结构中机器制造业和金属加工工业占27.1%，电力工业占22.9%，食品工业占24.5%，建筑材料工业占7.0%，化学和石化工业占4.3%，有色冶金业占3.2%，森林、木材加工和纸浆造纸业占2.2%，轻工业占2.3%，黑色冶金业占0.4%，燃料工业占0.3%