2008年初，俄方提出组建上海合作组织大学的构想。

2008年10月23日在阿斯塔纳签订了《上海合作组织成员国教育部关于为成立上海合作组织大学采取进一步一致行动的意向书》。2009年上半年，成员国五方协商一致，共同确定区域学、生态学、能源学、IT技术和纳米技术等五个专业为优先合作方向，并按照基本的要求和标准遴选出了本国的项目院校，其中哈萨克10所、吉尔吉斯7所、中国10所、俄罗斯16所、塔吉克10所，共计53所。2009年5月26日，“上海合作组织成员国第二届‘教育无国界’教育周及首届大学校长论坛”在莫斯科大学举行，期间中外有关项目院校在莫斯科语言大学签署了“上海合作组织成员国人文大学联盟”协议及章程。2010年4月26日，“上海合作组织成员国第三届‘教育无国界’教育周”在莫斯科举行，各成员国项目院校代表签署了“上海合作组织大学多边教育合作创新机构”备忘录和纪要，协商了双边合作协议草案，确定了硕士研究生的培养方案、教学计划和相关课程设置，一致同意于2010年下半年率先启动“区域学”专业硕士研究生的招生程序。2010年9月23日，第三次上海合作组织成员国教育部长会议通过,上海合作组织大学项目院校增至62所，其中哈萨克13所、吉尔吉斯8所、中国15所、俄罗斯16所、塔吉克10所。2011年11月6-9日，第四届上海合作组织成员国“教育无国界”教育周在俄罗斯首都莫斯科隆重开幕，中国教育部派出以于继海副司长为团长、由上海合作组织大学中方15所项目院校代表组成的31人代表团与来自上海合作组织其他成员国47所项目院校的数百名代表共同参加了本届教育周。本届教育周最重要的成果是各成员国62所项目院校代表共同签署了《上海合作组织大学章程》，这标志着上海合作组织大学在法律基础上取得了重要的进展。在上海合作组织大学5个合作方向的分组讨论会上，各项目院校代表签署了会议纪要。就上海合作组织大学的工作开展及其运行的规范和法律基础的建立问题，本届教育周期间还召开了上海合作组织成员国教育合作专家工作组会议，并签署了会议的最终文件。2012年5月13-16日，由俄罗斯联邦教科部主办的第五届上海合作组织成员国“教育无国界”教育周在俄罗斯首都莫斯科开幕，由教育部国际交流与合作司副司长于继海为团长的23人代表团参加了在莫斯科举行的上海合作组织成员国第五届“教育无国界”教育周活动。参加会议的有来自中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦等五个国家的教育部官员、上合组织大学各项目牵头院校等70人。会上，各国代表就“各国教育主管部门在上合组织大学运行筹备方面的任务”进行了讨论，分析了各国在上合组织大学筹备过程中所做的工作、面临的困难和问题以及解决问题的相关措施，阐明了教育主管部门在上合组织大学运行和筹备过程中的任务。我国教育部国际交流与合作司副司长于继海就中国在上合组织大学运行和筹备过程中的任务和问题进行了陈述：任命大连外国语大学校长孙玉华为中方项目院校校长委员会**，并明确了中方各个专业方向的牵头学校。各方向项目院校均召开一次以上的工作会议，2012年秋季部分方向可以启动招生计划。会议期间，上合组织成员国教育领域合作常设专家工作组召开了专门会议。会议就第四次上合组织成员国部长会议的日程及相关草案进行了磋商，同时根据人才培养需求，在原有纳米技术、能源学、信息技术、生态学和区域学基础上，增设经济学和教育学方向。与此同时，还召开了上合组织大学校长委员会**第一次会议。会议讨论并通过了上合组织大学的管理机构、管理模式、毕业证书、定期召开校长会议等工作议题。2012年6月21日，上海合作组织大学中方项目院校工作会议在大连外国语大学隆重召开，出席会议的有教育部国际司副司长于继海、教育部欧亚处处长张晓东及中方18所项目院校及候补项目院校的受邀代表。会议通报上海合作组织大学中方校长的任命及成立上合组织大学中方校长办公室的决定；通报莫斯科教育周及上海合作组织大学校长委员会**第一次会议的情况。讨论了上海合作组织大学有关文件草案；讨论制定了工作机制、下半年工作任务和工作计划等。各参会代表还就改革人才培养模式、拓宽合作领域、推进教师交流、加强语言培训等问题展开热议。2012年10月7-12日，上海合作组织成员国第四届教育部部长会议暨第二届大学校长会议在吉尔吉斯坦共和国首都比什凯克举行。哈萨克斯坦共和国教科部、中华人民共和国教育部、吉尔吉斯斯坦共和国教科部、俄罗斯联邦教科部、塔吉克斯坦共和国教科部部长或副部长、上海合作组织秘书处副秘书长出席了会议。会上，各国教育部领导对上海合作组织教育领域合作成就给予了充分的肯定，教育合作推动了该地区在经济、社会及文化领域的全面均衡的发展。特别是根据俄罗斯总统普京2007年提议成立的上海合作组织大学。会议通过并签署了第四届上海合作组织成员国教育部部长会议纪要。通过了新增项目院校名单及两个新的专业。上海合作组织大学共有70所项目院校，7个专业方向，分别是区域学、能源学、生态学、纳木技术、信息技术、教育学和经济学。在中方校长的大力推动下，人才培养层次也将从单纯的硕士研究生层面扩大至本科生层面。我国上海合作组织大学项目院校已扩大至20所。本次会议还提出上海合作组织大学框架下的合作将进一步扩大合作领域，以人才培养合作为基础进行教授间合作和科研合作等，使上海合作组织大学项目院校间的合作变成教育、教学、科研等全方位的合作。上海合作组织成员国教育部长会议暨大学校长会议，进一步明确了上海合作组织大学的发展方向，讨论并通过了系列法律文件，为上海合作组织大学进一步发展奠定了基础。2013年5月22-24日上海合作组织第六届“无国界教育”教育周暨上海合作组织大学第三届校长扩大会议在莫斯科举行。参加教育周活动的有上海合作组织成员国教育部代表、上海合作组织大学各国项目院校的代表共100余人。我国参会代表有教育部国际合作与交流司领导以及中方上海合作组织大学7个方向的牵头院校代表共13人。 大连外国语大学孙玉华校长作为上海合作组织大学中方校长委员会**代表中国代表团在开幕式上作了题为《上合大学的发展前景和发展策略》的发言。她从硕士层面的人才培养状况、本科层面的招生启动工作、政府给予的政策支持、上海合作组织大学的工作机制和管理模式等方面介绍了中国上海合作组织大学的发展状况。强调了上海合作组织大学国内项目院校之间加强合作对上海合作组织大学发展的重要意义。根据中方教育体系特点及上海合作组织大学发展规划，上海合作组织大学中方项目院校将在较长一段时期内保持现有数量不变，注重内涵建设，完善运行机制。为进一步加强上海合作组织大学发展战略研究，中方成立了上海合作组织大学研究中心，负责上海合作组织大学发展战略的调研、分析，提供合理化建议等研究性工作。为实现项目院校之间的资源共享和信息沟通，中方建了上海合作组织大学（中国）网站，进一步强化了上海合作组织大学各项目院校之间的联系。会议期间，上海合作组织大学各方向项目院校分别召开了专家工作会议，就本方向项目院校间国际合作的具体事宜进行磋商，并就联合培养硕士研究生的具体操作流程达成共识。上海合作组织大学校长扩大会议，讨论修改了上海合作组织大学的部分文件，签署了上海合作组织大学区域学、生态学、能源学、信息技术和纳米技术等5个方向的框架合作协议。2013年6月14日，第二届上海合作组织大学中方项目院校工作会议暨校办工作会议在大连外国语大学召开，教育部国际交流与合作司副司长于继海、上合大学中方校长委员会**、大连外国语大学校长孙玉华、副校长刘宏以及20所上合大学中方项目院校负责人近30人出席会议。本次会议主要议程包括上合大学研究中心及上合大学基地正式揭牌，项目院校负责人交流发言，上合大学中方校办工作汇报，以及上合大学研究中心扩大会议等。教育部于继海副司长和孙玉华校长共同为上合大学研究中心及上合大学基地揭牌。开幕式后，来自吉林大学、兰州大学、华北电力大学、首都师范大学、琼州学院的中方项目院校负责人从各自的专业方向出发，对上合大学未来发展的思路和方向进行了交流发言，上合大学中方校长办公室主任任雪梅就校办工作做了汇报，并就工作中的出现的具体问题进行了详细的说明。之后，各中方项目院校围绕上合大学工作机制、招生、派出、存在问题等进行了自由讨论。当日下午，上合大学研究中心扩大会议召开。会议围绕上合大学研究中心任务及工作机制等重要问题展开了讨论，为推动上合大学朝着健康、有序、可持续发展打下了重要的基础 。