之所以会出现这么复杂的关系，主要是十几年前国家的一次大学合并潮导致的。

北京大学最开始是没有医学专业的，在2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学，也就是说，北京大学的医学部是合并了北京医科大学得来的，所以你说的北京大学的医学就是指的北京大学医学部，这点是不用怀疑的，至于分开招生，这个是学校自己的安排，但是北大医学部毕业的就是北京大学毕业的。北大医学部是一个独立的校区，其实就是原来北京医科大学的校区，但是这个校区就是北京大学的校区，所以地理位置虽然独立，但是行政管理是统一的。至于清华大学，比北京大学更复杂，清华大学本来也想直接合并国内医学顶尖名校：北京协和医科大学，奈何协和不愿意被合并，最后折中办法，两个学校合作招生培养，也就是说高考招生还是由清华大学来招生，但是医学专业后期是会进入北京协和医学院去学习的。