复旦大学上海医学院始建于1927年，原为国立中央大学医学院，是中国创办的第一所国立大学医学院。

1932年，国立中央大学医学院独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。1939年，抗战爆发后，学院内迁至云南昆明；1940年辗转迁至四川重庆。抗战胜利，学院迁回上海，于1952年更名为上海第一医学院。1985年，上海第一医学院定名为上海医科大学。学院于1959年被定为全国16所重点高等学府之一，并于1997年入选首批211工程。2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2011年，新的上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限。本科专业临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、临床医学（六年制，全英语授课）、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理（卫生事业管理方向）、药学、药学（临床药学方向）、护理学。一级国家重点学科生物学、基础医学、中西医结合。二级国家重点学科内科学（心血管病）、内科学（肾病）、内科学（传染病）、儿科学、外科学、肿瘤学、社会医学与卫生事业管理、眼科学、妇产科学、药剂学、神经病学、影像医学与核医学、耳鼻咽喉科学、流行病学与卫生统计学。一级博士、硕士授予点生物学、基础医学、口腔医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理（医）、护理学。博士后科研流动站生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理（医）、护理学。