该校是首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，现有一级学科博士授权专业点7个、一级学科硕士授权专业点3个，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。
现有一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科8个，三级学科国家重点学科2个，国家重点培育学科1个。 ***重点学科一级学科国家重点学科二级学科国家重点学科三级学科国家重点学科国家重点培育学科生物学免疫学外科学（胸心外科）外科学（普外科）药学病理学与病理生理学外科学（骨外科）皮肤病与性病学影像医学与核医学妇产科学肿瘤学麻醉学内科学北京市重点学科一级学科重点学科二级学科重点学科三级学科重点学科基础医学护理学外科学（普外科）眼科学流行病与卫生统计学 一级学科博士学位授权点： 生物学、生物医学工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、护理学。一级学科硕士学位授权点： 口腔医学、中药学、图书馆、情报与档案学。专业学位硕士授权点： 全科医学、临床病理学、口腔医学、公共卫生、护理、药学。博士后流动站：基础医学、临床医学、生物医学工程、公共卫生与预防医学、药学、生物学。 附属医院 学校拥有六所附属医院：北京协和医院、阜外心血管病医院、中国医学科学院肿瘤医院、中国医学科学院整形外科医院、天津血液病医院、南京皮肤病医院），此外学校还拥有北京天坛医院（与北京市共建）、中国航天科技集团公司总医院、煤炭工业部总医院等教学医院。所属医院技术力量、学术水平雄厚，领先，是集医疗、教学和科研为一体的综合性医疗服务体系，它们和北京协和医院一道，成为培养硕士生、博士生的临床训练和科学研究的重要基地。其中北京协和医院以其专家优势、技术优势、资源优势被国家卫生部指定为“全国疑难病症技术指导中心”之一，它所拥有的病案室与名教授和图书馆一起被誉为“协和三宝”，北京协和医院以及学校所属的肿瘤医院、阜外心血管病医院、血液病医院、皮肤病医院和整形外科医院都是国内相关领域居于领导地位的专科医院，这些技术力量为学生在临床实践中提高基本技能、基本操作创造了良好的条件。图书馆北京协和医学院图书馆 是历史悠久，藏书丰富（>86万册）的医学专业图书馆；协和自建校以来就非常重视图书馆建设，该院校图书馆历史悠久、藏书丰富，2000年被指定为国家科技图书文献中心医学分中心，也是联合国世界卫生组织卫生与生物医学信息合作中心， 藏书以生物医学书刊为主，藏书51.2万册，电子图书1.5万册，外文医学期刊5000余种。此外，还藏有千余部中医古籍。按照数字图书馆发展方向，该校进行协和特色馆藏资源数字化，整合资源，自建“中国生物医学文献数据库”、“北京协和医学院研究生学位论文库”、“1983－2000年全国外文生物医学期刊馆藏联合目录数据库（网络版）”、“全国高等院校医药图书馆预订外文期刊联合目录数据库”、“医科院图书馆数字资源整合平台”、“突发公共卫生事件每日科技快讯信息服务平台”、“NSTL艾滋病预防与控制热点门户”等数据库和平台。其拥有的中国医学文献分析和检索系统向全国提供医学信息，并在全国建立起医学信息网，为教学、科研和医疗工作提供了珍贵的信息资源。病案室协和的病案室保存有孙中山、梁启超、张学良、宋美龄等名人的材料。协和注重对病案的系统管理和医学生采集病史，写好病案的培养。保存的近220万册病案，对疾病治疗和科研起到了重要作用。 学校与近20个国家（或地区）的医学院校和科研机构建立了科技、教育、医疗合作关系成立了10个世界卫生组织合作中心，并已成为国际生物医学研究高层组织（HIROS）成员单位。通过与世界卫生组织研究合作中心的合作和交流，引进智力，争取资金，促进了科研、医疗和教育的发展。协和已有200余名国外专家、学者被授予协和医大名誉教授或客座教授称号，有美国NIH院长Elias A.Zerhouni，美国科学院、工程院、医科院，中国科学院外籍院士冯元桢，诺贝尔奖获得者LeeH Hartwell、Tim Hunt、John Walker、丁肇中等。经国务院学位委员会批准，该校分别授予马耳他共和国前总统文森特·塔博恩和美国中华医学基金会前**布坎南、施瓦茨名誉医学博士学位。美国前总统克林顿、世界卫生组织前总干事李钟郁先生都曾到院校访问交流。自1985年来，学校相继和美国哈佛大学医学院、澳大利亚西澳大学医学院，美国加州大学旧金山分校医学院、香港中文大学医学院、香港大学医学院、澳门镜湖护理学院签订了校际交流的协议，互相交换高年级学生到对方学校进行短期临床学习。自1993年起学校获准招收外国自费留学生，1997年起又获准招收该国 、香港、澳门地区学生，先后有美国、加拿大、新西兰、马来西亚、印度尼西亚、英国和 、澳门地区的学生来校学习。经国家卫生部和教育部批准，协和医大在美国中华医学基金会（纽约）的资助下，自1995年起还设立了该国首个医学博士和理学博士（M.D. & Ph.D.）双学位教育项目，实现了与国际高层次医学教育的接轨。该项目选拔少数经过八年学习、取得医学博士（M.D.）学位的优秀毕业生，继续学习3年时间，进一步加强其科学研究能力的训练。
