学科设置波士顿大学不但拥有一流的师资、设备，也拥有健全的科系。

全校共有十七个学院，例如艺术学院（College of Fine Arts）、波士顿大学传播学院（College of Communication）、教育学院（School of Education）、牙医学院（Gold man School of Graduate Dentistry）、工学院（College of Engineering）、法学院（School of Law）、文理学院（College of Arts and Science）、商学院（School of Management）、医学院（School of Medicine）、大都会学院（Metro politan College）、公共卫生学院（School of Public Health）、社会工作学院（查理士河 (Charles River) 后的校园School of Social Work）神学院（school of Theology）酒店管理学院（School of Hospitality Administration）等，共包括两百五十个以上不同的科系，为一完整的综合大学。其中，大都会学院为波士顿大学的一大特色，专为社会人士提供在职进修的机会。部分课程大学：商，传播，生物，教育，电脑科学，艺术，数学，社会科学，历史，教育，西班牙语/美洲研究，论理，物理，心理；研究所：法律，医学，MBA，分析化学，生物化学，财务银行，资讯科学，景观建筑，教育，地理，数学，医学，论理，心理学，历史，政治，哲学，特殊教育，心理咨商，幼教，经济优势学科传播类：享有很大名誉，出色校友无数，是全美第一所开设公共关系的大学商科：商学院出过很多知名校友，并且以毕业生素质好闻名工程类：学院毕业生也受各公司欢迎。当中生物医药工程 (Biomedical Engineering) 排名亦是全美国前十。经济：经济排名全美前30位心理学来源：