香港中文大学深圳分校可以视为香港中文大学支持的一个独立办学单位。

但说是分校，并不完全属于香港中文大学。在行政隶属关系上，深圳分校隶属广东省教育厅管理，在业务关系方面，分校采取的是理事会管理办法，深圳分校的理事会由香港中大与深圳大学各委任8人组成，理事长由香港中文大学校长担任。