慕尼黑大学共设置有18个学院，并提供广泛多元的学科选择。

在2012/13年冬季学期，约有150个专业领域在此获得研究与传授，从埃及学到牙医学，各式各样的学科领域—人文科学、文化科学、法学、经济学、自然科学、医学—几乎应有尽有。因此，慕尼黑大学实为名副其实的“universitas”——综合性大学。此外，慕尼黑大学在部分自然科学领域与慕尼黑技术大学存在着相互竞合的关系。在不同的世界大学排名调查中，这两所位于巴伐利亚首府的大学彼此竞争着德国最佳大学的地位。拥有超过五百年历史的慕尼黑大学，在大多数研究领域中享有高度的国际声誉，如医学、动物医学、自然科学领域的数学、物理、化学、生物学等，以及人文社会学科中的法学、哲学、神学、经济学、语言学、心理学、教育学与汉学等。在嘉兴校区的物理系与马克斯普朗克学会的物理研究所，以及与慕尼黑技术大学联合建立的加速器实验室也曾取得过世界级的成就。慕尼黑大学的科学研究人员多年来荣获多项德国国内与国际性的学术奖励：如著名的德国科学基金会的“莱布尼茨奖”和柯尔博基金会的“德国研究奖”。此外，迄今为止在慕尼黑大学学习或任教的校友中，共计有34人荣获诺贝尔奖。在2012/13年冬季学期中，慕尼黑大学共有注册学生48,938名，其中7,039名为外籍学生。全校近五万名学生中，51%为研读人文社会科学类专业的学生。教职人员方面，目前共有737名专职教授、2,816名学术研究与教学人员，以及2,405名职员。慕尼黑大学另设有大学附属医院，其中包含1,528名医生、216名研究人员、1,666名护理人员，此外还有4,323名相关工作人员。2011年大学的财政预算达到4.886亿欧元,其中校外资金为1.147亿欧元。现在的慕尼黑大学已不再是一所校园中心式大学。除了位于索尔兄妹广场的大学主校区外，还有位于大哈登地区的高科技园区（包含世界著名的大学医学中心，生物学中心，药学和化学院系，这些大学的研究机构与比邻的马克斯普朗克学会的生物化学研究所和神经研究所，以及德国联邦生物医药高科技园区，共同组成了德国著名的生命科学中心）。此外，慕尼黑还拥有具有悠久历史的大学市内医院，以及相关的专科医疗院所如牙医医院，精神医学医院及座落于五月大街的妇科医院等。如今多数的慕尼黑大学的研究机构分散在城市中心地带，如大学主校区北边不远处即为学生所昵称为“小猪楼”[因外墙粉红色的涂料而得名]的教育学和心理学系。再如位于慕尼黑艺术展览区带的古生物研究所，地质地理研究所以及绘画陈列馆西南方的“数学楼”（物理系、资讯科学系和地理系讲课也在此处）。现在位于英国花园的自由欧洲电台所在地的大楼，已经转让予校方做为索尔兄妹政治学研究所，资讯科学，传播学，东亚研究学，生物分子光学研究所及语言信息转化中心。