1472年，巴伐利亚-兰茨胡特公爵路德维希九世在因戈尔施塔特创建巴伐利亚第一所大学。

1800年，马克西米利安一世将大学移至兰茨胡特，并于1802年起更名为“路德维希-马克西米利安大学”。 1826年，路德维希一世国王将大学带到慕尼黑。 2006年10月成为德国为提升大学研究质量的“德国大学卓越计划”之“精英大学”之一。 2012年6月15日揭晓的第二轮卓越计划评选中，持续保有精英大学的称号，并获得未来五年的研究资助。