1856年3月6日，私立马里兰农业学院成立。

1858年，巴尔的摩男爵的后裔Charles Benedict Calvert用两万一千美元在克里奇帕克市区购买了一个面积为420英亩的种植园，并将其赠送给马里兰农业学院。同年Charles Benedict Calvert又把一些其股票所得的资金提供给马里兰农业学院。1859年10月6日，第一批包括Charles Benedict Calvert的四个儿子在内的34名学生开始在马里兰农业学院学习。1862年7月，马里兰农业学院授予了第一批学位。同月，林肯签署了Morrill Land拨款法案。这项法案为众多大学提供联邦政府资助，来提升各州的农业、工程和军事教育。1864年，马里兰州立法院通过了Morrill Land拨款法案，同意私立马里兰农业接受资助。 美国内战结束后马里兰州立法院结束了马里兰农业学院的破产状态并获取了其一半的所有权。马里兰农业学院成为一所半公立学院。内战期间南方将军罗伯特·李(Robert E. Lee)的儿子George Washington Curtis Lee被任命为战后第一任校长。但是由于公众的不满，George Washington Curtis Lee拒绝的这个职位。1867年10月马里兰农业学院重新成立并招收了11名学生。在随后的6年里，马里兰农业学院偿还了所有的债务。在此后的二十年内，由于联邦政府投资的一个农业试验站的成立，马里兰农业学院开始成为一个研究机构。同期马里兰农业学院还在一系列领域获得了管理权，例如农场疾病控制，牧草检查；还建立了州气象局以及林业会议。1888年马里兰农业学院开始了正是的校际篮球比赛，当年的对手有St. John's College和美国海军学院。1897年，第一个兄弟会Phi Sigma Kappa进入了马里兰农业学院。1898年Morrill Hall建立，这是马里兰大学仍然在使用的教学楼中历史最悠久的建筑。 1912年11月29日晚10点30分，正在举行感恩节舞会的新行政楼阁楼发生火灾。起火原因可能是电线短路。在场的大约80名学生全部安全逃生并排队传递水桶救火。但是由于当时的大风，学生宿舍，以及除Morrill Hall之外的所有学术建筑都被引燃。尽管没有人伤亡，学校损失约25万美元，折合2005年汇率约5百万美元。校长Richard Silvester辞职。当时很多人以为马里兰农业学院会关闭。但是学生没有放弃。在寒假结束后除两人外其他全部学生回到了学校并坚持学校应继续正常教学。在学生宿舍建好之前，学生被安置在附近的居民家中，租金后来由学校支付。但是行政楼一直到1940年才重建。在1912年学校的中心所在的位置建立了一个混凝土指南针，指南针上指出了当年被火烧毁的每一座建筑的方向。1916年马里兰州获取了马里兰农业学院的全部所有权并把学校更名为马里兰州立学院（Maryland State College）。同年第一个女生入学，四年后姐妹会进入学校。1920年4月9日，马里兰州立学院同巴尔的摩的一些职业学校合并成为马里兰大学（University of Maryland）。同年马里兰大学研究生院授予了第一个哲学博士学位，学校学生总数超过了500人。1951年第一个非洲裔学生入学，当时学生总数已经接近10000人，其中约4000名女生。1957年校长Wilson H. Elkins发起了一个提高学校教学水平的运动。最终学校建立了一个学术考察计划。在学术考察计划实行的第一年，占当时学生总数18%的1550名学生面临开除。随后学校的教学水平显著提高。1988年，马里兰大学系统成立，大学园校区被正式命名为马里兰大学学院市分校。1997年，马里兰人民大会（the Maryland General Assembly）通过立法决定将“马里兰大学学院市分校”称为“马里兰大学”。需要指出的是其他名称中带有“马里兰大学”的学校并非马里兰大学学院市分校的分校。2001年9月24日，九一一袭击事件后13天，一场龙卷风横扫马里兰大学学院市分校，导致两名学生死亡，12栋建筑损坏。学校损失达到1500万美元。