埃克塞特大学的历史可追溯到19世纪中叶，1851年伦敦世界博览会引起了埃克塞特城公众对艺术和科学极大的兴趣，随后在1855创立了埃克塞特艺术学院和科学院。

1893年演变为埃克塞特科技大学学院（Exeter Technical and University Extension College）。在1990年，官方名称变为皇家阿尔伯特纪念学院（The Royal AlbertMemorial College）。 到1922年建设成为英格兰西南大学学院（The University College of the South West of England），这就是今天埃克塞特大学的Streatham校区。1955年经过皇家的特许，它演变成今天的埃克塞特大学（University of Exeter）。1956年，英国女王受邀访问学校。1962年，医学研究生院建立。1978年，合并圣卢克斯教育学院（St Luke's College of Education）。1991年，普利茅斯圣马克和圣约翰学院（College of St Mark and St John）加入。1993年，康伯恩工矿学院（Camborne School of Mines）加入。1995年，英国女王在校庆时来到学校。同年，圣路耶斯医疗研究学院（St Loye's School of Health Studies）加入。2000年，与普利茅斯大学（University of Plymouth）和英国国家医疗服务体系（NHS）合作建成半岛医学院（Peninsula Medical School）。2004年，康沃尔（Cornwall）校区建成。学校初兴时的学院建筑主要由德文郡和康沃尔郡极富热情和远见的私人教育改革家和慈善家所建。100多年前，大部分Streatham的地产属于一个极为富有的曾经的东印度公司富商。1922年，一位埃克塞特前市长Alderman W H Reed，将Streatham Hall捐赠给了学校，以捐赠者的名字更名为Reed Hall，与此同时英格兰西南大学学院的第一任校长Sir Hector Hetherington劝说学校议会收购了Streatham的主要部分。学校的重心由此渐渐从市中心向Streatham移动。这里拔地而起的第一座新建筑是华盛顿·辛格大楼（Washington Singer building），奠基石由当时的威尔士亲王（后来的国王爱德华八世）和当时的校长共同安放。圣卢克斯（St Luke's）校区，则曾经是最大和最古老的英格兰教堂学院，前身为埃克塞特教会职业学院（Exeter Diocesan Training College）。学院于1840年创建，从托特尼斯主教（Archdeacon of Totnes）的教堂机构移至现在的地址之后，在1854年迎来了大发展。其名称在1930年改为埃克塞特圣卢克斯学院（St Luke’s College Exeter）。1978年，圣卢克斯被并入成为大学的教育学院。