哥本哈根大学的最高管理机构是校务委员会。

委员会成员由教师、哥本哈根大学技工和管理人员、学生三部分组成。大学的主要经费来自国家的直接拨款。1999年的年度预算是24.19亿丹麦克郎，其中有大约4亿克郎的资助来自国家科学研究委员会、国际组织以及私人基金和公司。