1495年2月，当时的阿伯丁主教威廉·艾尔芬斯通受苏格兰国王詹姆士四世差遣，到罗马求见教皇亚历山大六世，希望教皇御许于阿伯丁老城区（Old Aberdeen）成立一所大学，称国王学院（King's College）。

教皇在1495年2月6日与艾尔芬斯会面，在细细询问过为何要于阿伯丁成立大学、以及财政方面如何维持之后，覆以教皇训令（Papal Bull），阿伯丁大学正式成立。大学在刚成立的时候一共只有36名教师和学生。1497年，大学设立了世界上第一个讲英语的医学教学职位，同时成立了英语系国家第一所医学院。大学主要为苏格兰北部培养医生、教师和牧师，并为当时的苏格兰政府培养律师和管理人才。1593年，第五代马修伯爵乔治·基斯在南面阿伯丁的新城区中心地区创立了阿伯丁第二所的大学马修学院（Marischal College）。1860年，两所学院根据英国议会通过的“1858年苏格兰大学法案”（Universities (Scotland) Act 1858）合并，正式称为阿伯丁大学。法案还同时规定大学的校龄从国王学院起算，因而是苏格兰第三和英国第五老的大学。之前的四所大学按建校时间先后顺序分别是牛津大学、剑桥大学、圣安德鲁斯大学和格拉斯哥大学。合并后的国王学院校址主要教授人文艺术和神学，而马修学院所在地主要教授医学和法律。1892年，新的科学院在马修学院内建立。1894年，大学第一批女学生入学。1950年，大学大量增加招生，马修学院由于地处阿伯丁市中心，逐渐无法容纳越来越多的师生。除医科外，大学的主要授课地点逐渐往北面的国王学院原址迁移。马修学院主要只作为艺术博物馆和学生毕业的大礼堂之用，而其古老优美的建筑风格也是阿伯丁市中心的旅游景点之一。2001年阿伯丁区的北部教育学院合并，教育系于同年成立。在2003年大学做出内部重组，之前五个学系重组成三个学院。学院内的小学院，如商学院等亦于同年成立。2006年，在2月大学与阿伯丁市地区政府达成协议，将马修学院租给阿伯丁市地区政府作为办公室使用，年期为175年。大学作出一连串大规模投资，为未来作出准备。大学在未来十年将会使用2.3亿英镑来提升学校的设备。投资项目包括医学大楼，图书馆，体育中心等等。大学更成立了一系列的“第六世纪奖学金”并在各科增聘了多位教授。