北海道大学的前身为1876年(明治9年)为开发北海道而设立的札幌农学校。

首任校长为美国马萨诸塞州农科大学校长克拉克博士。克拉克博士在返回美国时候，经过札幌附近的岛松时，骑在马上，对送别的师生们大声说了一句话，“青年们，要胸怀大志”(少年よ、大志を抱けBoys，be ambitious)。从此，这句话就成了北海道大学的校训流传至今。在克拉克博士离任后，他所宣讲的基督教精神仍留存在校园内，尽管该校为国立学校，但在学生中流“信耶稣誓约”，从中诞生了新渡户稻造，内村鉴三等日本战前杰出的基督教徒。北海道大学创立于1876年，其前身为札幌农学校，是日本最早的高等教育机构。1907年，其被设立为东北帝国大学附属农科大学。1918年，札幌农学校更名为北海道帝国大学。作为七所帝国大学之一，北海道帝国大学是日本设立的第四所帝国大学。1947年，北海道帝国大学更名为北海道大学。2004年，“国立大学法人北海道大学”创建。根据2015年2月学校官网显示，北海道大学设有两个校区，有12个本科学院、18个研究生院、3个附属研究所、3所全国共同教育研究设施；拥有本科生和研究生共计18000人左右，约有教职员4000人。截至2012年5月，有来自87个国家（地区）的1347名留学生，其中中国留学生人数为754名，约占留学生总人数的56%。2010年，北海道大学工学部教授铃木章获得诺贝尔化学奖。