一般认为阿姆斯特丹大学始于1632年创校的 Athenaeum Illustre，该校原以教授史学与哲学为主，此后陆续成立了医学、法学与神学学院。
此时该校的规模仍小，学生不超过三百人。1815年， Athenaeum Illustre 被认可为高等教育机构。1877年，该校改名为 Gemeentelijke Universiteit van Amsterdam（阿姆斯特丹市立大学），教授聘任须经市议会通过，市长管理学校的运作。由于当时的阿姆斯特丹市议会采取进步作风，市立大学得到了较大的学术自由。1961年，政府接管该校财务，市立大学遂改称阿姆斯特丹大学。1969年5月间，学生一度占领大学的行政中心Maagdenhuis，要求让学生参与校务。在60至80年代间，阿姆斯特丹大学被目为荷兰学生运动的中心。
