学费厦大马来西亚分校本科生学费按学分以林吉特的方式收取，但从2018年开始录取中国学生以美元的方式收取，美元费用较高于林吉特。按林吉特方式收取时文商科每学分500林吉特，工科每学分550林吉特，国际学生办理费为2500林吉特/年。中国学生于每学年第一学期一次性缴纳该学年学费，马来西亚学生于每学期缴纳该学期学费，全体学生缴纳基础学费总额相等，在现值上马来西亚学生学费低于中国学生学费。根据厦门大学学籍管理规定，学生修满学分达到毕业要求的可提前毕业。每长学期可修21学分，每短学期可修10学分，但自2017年开始，每短学期可修7学分。中国学生需在毕业前达到专业要求的雅思水平，方可获得毕业证和学位证。费用自理，在马来西亚的考试费用为795马币/次。