曼尼托巴省具有完善的教育体制，主要有五所大学和八所大专。

五所大学分别是University of Manitoba（曼尼托巴大学），University of Winnipeg（温尼伯大学），Canadian Mennonite University, College universitaire de Saint-Boniface (CUSB)，Brandon University，其中以曼尼托巴大学和温尼伯大学最为著名。八所大专中有一所法语学校，其余七所为英语学校，分别是Assiniboine Community College, Keewatin Community College, Red River College, Steinbach Bible College, Steinbach Bible College, Stevenson Aviation Technical Training Centre. 位于加拿大曼尼托巴省温尼伯市南郊的曼尼托巴大学（University of Manitoba），成立于 1877 年，是加拿大西部历史最悠久的大学。曼尼托巴大学（University of Manitoba）简称 U of M，有两个校区，设有 22 所学院，三所教会学院： 温尼伯大学位于加拿大曼尼托巴省的省会城市温尼伯市中心，建于1967年，是一所设有高中、英语语言学校、大学预科教育以及学位课程的综合性院校，在加拿大21所毕业院校中排名第六，是加拿大西部最好的大学之一。布兰顿大学是一所具有百年历史的大学。是北美学费最低的大学之一，其音乐学院在加拿大享有盛名。