维也纳大学众学院中最富声誉的是医学院，在本世纪初该院曾位于世界医学之巅峰，成为当时世界医学中心，1914年诺贝尔奖得主罗伯特·巴拉尼，1927年得主尤利乌斯·瓦格内一约莱克、1930年得主卡尔·兰特斯坦纳。

1936年得主奥托·罗维和1973年的康拉德·洛伦茨均来自该学院。医学院有教授77名，副教授40位，助教1,077位，工作人员1,023位，学生数达12,782名。该院有69个系和医院，其中内科、实验病理学、生理学、药物学和皮肤病学居世界领先地位。各系研究的课题有骨髓移植、细胞生长规律、恶性肿瘤扩散、移植超速离心机对心脏的作用、人造心脏、有效的康复枣慢性病和病疾新路、癜病研究。器官移植是该院最大的研究项目，早在90年前，维大学者卡尔·兰特斯坦纳就着手研究这一课题。1972年在维也纳成功地移植了人体肝脏，1984年移植心脏和胰腺，1989年移植肺。现在该院移植中心是欧洲最大的肾移植中心，该项目由教授克劳斯·莱希纳尔博士负责。