科隆大学与那些历史悠久的德国大学一样，系设得并不多，但在有些系中，专业设得非常之多。
这个大学设有八个系，其中经济系（Wirtschafts- und sozialwissenschaftliche Fakultaet）有一万多在校学生，为全德国最大的经济系。科隆的经济系在德国享有盛名，原因之一大概是德国所谓五贤人中有两个在这里任教；治疗教育系 (Heilpaedagogische Fakultaet) 是全世界最大的特种治疗系，拥有六千多学生；法学系（约六千学生，30名教授）和哲学系（附有30个研究所、43个专业）都属于本领域内全德国最大的之列。此外还有医学系、数学自然科学系和教育系。
