《派系内的修改》 东正教承认的圣经有48卷;天主教承认46卷;新教承认39卷,文本顺序都不一样的。犹太教和基督教三派圣经的相同部份来自同一份底本,也就是10世纪的马苏拉文本,已与西元前2世纪的死海古卷相差甚远,死海古卷中也有天主教东正教有、新教没有的文本。 关於旧约,天主教与新教圣经的不同部份来自七十士译本。七十士译本与马苏拉文本有高达9000处不同。新教因为反对天主教东正教圣经中《多俾亚传》、《友弟德传》、《玛加伯上》、《玛加伯下》的教义,因此学犹太人删除了这几本书以及《以斯帖记》第十章第5节至第十六章的内容以及《但以理书》第三章24节-90节,13章、14章内容。新教《以斯帖记》第十章短得不很奇怪么。 关於新约,不同部份主要来自翻译和理解。比如说,《哥林多前书》第十一章第27节,新教最早的King James版本为了反天主教把or改成了and,“eat this bread, AND drink this cup of the Lord”,不过后来New International版本又改回来了。《哥林多前书》第十一章第9节以及《加拉太书》第五章第17节把"do not" 改为 "cannot do"。 东正教圣经没有《尼希米记》,而是合并入《以斯拉记》中,《但以理书》的其中两章是分立的。另外与天主教、新教的区别主要在圣经解释上,相比天主教新教强调原罪和拯救,东正教强调的是与神的联系以及人道。 《对古老四海古卷的更改》 目前在死海出土的古卷文献,年分从西元前200-到西元200左右,其中除了发现西元前200年的旧约书卷如以赛亚书、以斯帖记外,也发现西元200以前相当接近使徒时期的新约残卷,有马太与约翰福音,以及约翰书信较为完整,以及其他新约各书信的残篇,这些新约书信所鉴定的年份大约是西元100-200年间,使用文字是用亚兰文混合希伯来文写成,颠覆原来认定最早新约福音与书信是以希腊文所写成,目前这些新约残卷内容被保存在希伯来大学死海古卷研究小组以及死海古卷博物馆,而研究小组也把较完整的福音书及书信与新约最完整也最早的古抄本西元350梵谛冈抄本和西375元西乃抄本互相比对,也与先前西元150John Rylands PapyrusJohn抄本 约18:31-33U-38 一页残篇、西元200Bodmer Papyri抄本John约, Hebrews来一纸莎草纸、西元220Oxyrhynchus Papyri抄本John约, Hebrews来几页、西元220Chester Beatty Papyri抄本 17 页福音书、17页徒、86页保罗书信做比对,也证实从使徒时期到西元200之间的抄本,与西元200年之後的抄本内容有所不同,西元200年後的抄本内容中,有些字被更动,甚至是直接加上一整段,像约翰一书5:6-8就是很明显的证据,在西元100-200的古抄本中约翰一书没有这段内容,有这段内容的古抄本是在西元200後所发现的古抄本才有这段,像是马可福音1:40-45中,提到主耶稣动了慈心,在西元200後所发现的古抄本都是用希腊文SPLANGNISTHEIS动了慈心,但以整体上下文内容来看这字显然很突兀,与上下文所表示的情感不一致,但在西元100-200之间所发现的古抄本则是用ORGISTHEIS动怒,与上下文所表示的情感有所一致,也证实像这类字都有被更动过,随著古抄本陆续被发现,越能看见新约圣经在西元200年被更动内容的证据,像这些实质的证据都是宗教分子最害怕的,因为会直接冲击原有的宗教思想。