学校现有3个博士后科研流动站、3个一级学科博士学位授权点、13个二级学科博士学位授权点（含2个自主设置学科），13个一级学科硕士学位授权点、55个二级学科硕士学位授权点（含7个自主设置学科）。

11个工程硕士专业学位培养领域、59个普通本科专业，是教育部第二批卓越工程师教育培养计划高校（含本科专业及研究生层次学科领域），具有授予同等学力人员硕士学位、推荐优秀本科生免试攻读硕士学位资格。学校按照“稳定与优化工科，强化经管与理科，扶持人文与社会学科”的专业建设思路，以优化学科与专业结构为重点，加大专业结构调整力度，建设品牌专业和优势专业群，形成了与学校办学定位和发展目标相符合的专业结构与布局。有10个省部级重点学科（涵盖39个二级学科）、3个国家特色专业、7个市级特色专业及9个校级特色专业。同时学校紧贴需求，设置并重点建设了新办专业，新办专业均具有学科基础，大部分在原有专业方向基础上发展而来，教学条件好，师资充足，教学质量有保证，学生满意。重点学科“十二五”期间，学校有省部级重点学科10个（涵盖39个二级学科），涉及3个学科门类。门类学科代码学科名称备注工学0801力学0802机械工程0805材料科学与工程0812计算机科学与技术0814土木工程0815水利工程0816测绘科学与技术0823交通运输工程管理学1201管理科学与工程法学0305马克思主义理论硕士学位截止2013年7月，学校拥有土木工程、水利工程、交通运输工程、管理科学与工程、力学、机械工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、测绘科学与技术、马克思主义理论、地理学、工商管理、软件工程等13个一级学科硕士点，55个二级学科硕士点（包括2个一级学科不分设二级学科硕士点——管理科学与工程、软件工程和7个目录外二级学科硕士点——马克思主义新闻理论及实践研究、交通电气装备及控制、土木工程安全与环境、基础设施管养工程、空间数据应用及云计算、道路安全理论与技术、交通运输经济），涉及4个学科门类。门类一级学科代码一级学科名称二级学科代码二级学科名称备注法学0305马克思主义理论*030501马克思主义基本原理030502马克思主义发展史030503马克思主义中国化研究030504国外马克思主义研究030505思想政治教育030506中国近现代史基本问题研究0305Z1马克思主义新闻理论及实践研究自设理学0705地理学*070501自然地理学070502人文地理学070503地图学与地理信息系统工学0801力学*080101一般力学与力学基础080102固体力学080103流体力学080104工程力学0802机械工程*080201机械制造及其自动化080202机械电子工程080203机械设计及理论080204车辆工程0802Z1交通电气装备及控制自设0805材料科学与工程*080501材料物理与化学080502材料学080503材料加工工程0811控制科学与工程081103系统工程0812计算机科学与技术*081201计算机系统结构081202计算机软件与理论081203计算机应用技术0814土木工程*081401岩土工程081402结构工程081403市政工程081404供热、供燃气、通风及空调工程081405防灾减灾防护工程081406桥梁与隧道工程0814Z1土木工程安全与环境自设0814Z2基础设施管养工程自设0815水利工程*081501水文学及水资源081502水力学及河流动力学081503水工结构工程081504水利水电工程081505港口、海岸及近海工程0816测绘科学与技术*081601大地测量学与测量工程081602摄影测量与遥感081603地图制图学与地理信息工程0816Z1空间数据应用及云计算自设0823交通运输工程*082301道路与铁道工程082302交通信息工程及控制082303交通运输规划与管理082304载运工具运用工程0823Z1道路安全理论与技术自设0823Z2交通运输经济自设0835软件工程*083500软件工程**管理学1201管理科学与工程*120100管理科学与工程**1202工商管理*120201会计学120202企业管理120203旅游管理120204技术经济及管理博士学位截止2013年7月，学校有水利工程、交通运输工程、管理科学与工程等3个一级学科博士点，13个二级学科博士点（其中11个目录内二级学科博士点，2个目录外二级学科博士点——道路安全理论与技术、交通运输经济），涉及2个学科门类。门类一级学科代码一级学科名称二级学科代码二级学科名称备注工学0814土木工程081406桥梁与隧道工程0815水利工程*081501水文学及水资源081502水力学及河流动力学081503水工结构工程081504水利水电工程081505港口、海岸及近海工程0823交通运输工程*082301道路与铁道工程082302交通信息工程及控制082303交通运输规划与管理082304载运工具运用工程0823Z1道路安全理论与技术自设0823Z2交通运输经济自设管理学1201管理科学与工程*120100管理科学与工程**注：标注*为一级学科授权点，标注**表示该一级学科不分设二级学科。博士后流动站学校现有土木工程、水利工程、交通运输工程3个一级学科博士后科研流动站，涵盖15个博士学位授权点，博士后科研流动站内人数逐年不断增加，为学校创造高水平研究成果、拓展学术领域、扩大学术交流提供活力，推动学校产、学、研的不断结合。 ***实验教学示范中心：道路与桥梁实验教学中心市级实验教学示范中心：力学实验教学中心材料实验教学中心航海实验教学中心水利水运实验教学示范中心交通运输工程实验教学示范中心校级实验教学示范中心：交通经济管理实验教学中心信息技术实验教学示范中心工程与工商管理实验教学中心物理实验教学示范中心工程实训中心（机电工程实验中心）岩土与地质工程实验教学中心 学校重视国际交流与合作。改革开放初期，学校便开始派遣出国留学生，随着学校的的不断发展，学校国际交流与合作范围越来越广，先后公派赴美国、日本、加拿大、英国、挪威、瑞士、澳大利亚、丹麦等国留学及出席国际学术会议、考察访问、合作研究、援外工程等各类出国人员数百人次。学校与美国堪萨斯大学、俄国圣彼得堡大学，德国汉诺威大学、越南河内大学等校签订有校际交流协议。学校自2004年开始面向世界各国招收留学生，几年间接收了来自美国、比利时、越南、韩国、印度尼西亚、菲律宾、哈萨克斯坦、尼泊尔、贝宁、刚果（布）等10多个国家的留学生。学校留学生教育体系完善，教学质量得到广泛认可，管理体制健全。学校成立了“留学生会”，开展了丰富多彩的课余文化活动。留学生可申请 “孔子学院奖学金”、“重庆市人民政府外国留学生市长奖学金”、“重庆交通大学外国留学生校长奖学金”等奖学金。学校配备留学生公寓由专人管理，设施齐备，安全方便。1987年学校开始聘请长期外国文教专家，迄今已聘50余人次。邀请短期讲学专家近130余人次，聘请10名外籍学者为我校名誉教授。学校接受了美籍华人张剑潭先生、日籍华人宋永琨教授的专业书籍、期刊等数千册，定期接受德国港口工程协会赠送的专业期刊。2009年3月25日学校首个孔子学院在贝宁科特努揭牌。国家汉办正式同意重庆交通大学与非洲贝宁共和国阿波美卡拉维大学共建孔子学院。3月25日，孔子学院揭牌仪式在阿波美-卡拉维大学校园举行，中国外交部部长助理翟隽和贝宁共和国高等教育和科学研究部部长阿比约拉为孔子学院揭牌。2011年3月15日学校成立国际学院。