里昂大学包括11所分校或学院（里昂一大、二大、三大、圣太田大学、里昂高等师范学院、里昂国立应用科学学院、里昂中央理工学院等11所公立院校和精英学院）和1所科研机构（法国国家科研中心里昂地区） 。大学旗下各个机构成员均侧重于不同领域，各具特色。里昂第一大学（Université Claude Bernard Lyon 1） ，里昂一大，以自然科学、技术科学和医学为主，其历史可追溯到创建于1808年的自然科学院。里昂一大在科学研究方面名声卓著，并在生命与健康科学、数学、物理、高性能计算、精算学、化学等学科拥有许多国际公认的研究专长领域。共有96个研究实验室，获得法国国民教育部的官方资质认可，其中三分之二与法国国家科研中心（CNRS）、国家健康与医学研究院（INSERM）、国家农学研究院（INRA）及其它研究机构有合作关系。里昂第二大学（Université Lumière Lyon 2） ，里昂二大，以人文科学、社会科学和经济管理科学为主，教学质量非常出色。现有 6 个教学单位和 7 个学院，共有学生 25000 多人。专业设置：语言学、古典文学 、戏剧艺术、文学与艺术史、音乐艺术、音乐、西班牙语、德语、法律、经济管理、国际贸易、企业与行政管理、信息与传播、公共管理、工业经济、工作经济与人力资源、文化项目的设计与实现 、艺术史与旅游、欧洲的文化旅游、艺术史与考古、心理学实践、临床心理学、社会心理学、鉴别心理学、遗传心理学、教育行业 、教育学。里昂第三大学（Université Jean Moulin Lyon 3） ，里昂三大，由法学院、商学院、外语系、人文系、哲学系和一个大学协会组成，尤其以人文科学见长。里昂三大坐落于城市的一端，以众多壮观和功能齐全的建筑群构成，并与整个城市融为一体。同时，里昂三大也融入欧洲乃至全世界的联系中，它向其 20000 名学生提供多元化的学习和一年或更长时间赴欧洲及北美国家出国交换留学的机会。 里昂三大享誉法国及世界已逾一个世纪之久。2000年GOURMA杂志将它属下的法学院评为欧洲最好的五所法学院之一，仅次于法国巴黎大学，英国牛津大学，英国剑桥大学，和德国海德堡大学。专业设置：法律、公共关系、私法与社会法、行政管理总论与国土管理、法律与企业金融、商法、欧洲法、国际法、犯罪科学与司法。哲学、现代文学、古典文学、古典文学资料。社会经济行政管理、经济与管理、实用外语、财会与金融技术、管理实践。圣太田大学（Université Jean Monnet Saint-Étienne） ，成立于1969年，以欧洲之父让·莫奈命名，也称让·莫奈大学 。位于法国中东部罗纳-阿尔卑斯大区，卢瓦尔省首府，历史文化名城圣太田。让·莫奈大学分为五大校区（Tréfilerie, Carnot, la Métare, Bellevue, Roanne），由5个学院（艺术、文学与语言、人文与社会科学、法律、科学与技术及医学）和 4个专业学院（企业管理学院、圣太田高等先进技术学院、工程师学院、圣太田和罗阿纳大学技术学院）组成。里昂高等师范学院（Ecole Normale Supérieure de Lyon） ，里昂高师，著名精英学校，法国四大高师之一，里昂高师与巴黎高师、卡尚高师一道，是法国长久以来高素质公立教育系统的象征，为法国培养了大批自然与人文科学方面的杰出人才。主要使命是培养数学、计算机信息学、物理学、化学、生物学、地球与宇宙科学等科学与技术领域的高水平的教师和研究人员。拥有10个研究实验室;每一实验室都与一个或数个国家大型研究机构(法国国家科研中心（CNRS）、国家农学研究院（INRA）、国家健康与医学研究院（INSERM）、国家计算机与自动装置研究院（INRIA）或与里昂一大有密切合作关系，并在生物、化学、物理、数学、计算机和地球科学等创新学科领域拥有广泛的研究能力。学院编制近500人，其中235名专职教师-研究员和研究员。里昂国立应用科学院（Institut National des Sciences Appliquées de Lyon） ，工程师学院，著名精英学校，主要以工程师培养及科学研究著称。应用科学学院高质量的教学、工程师培养和科研水平在法国和国际上具有极高的知名度，被誉为“工程师院校的典范”。集中在力学、生命科学、信息技术、电子、材料、土木工程等6大学科领域。具有高水平的科学研究和技术应用的开发能力，与企业界合作甚密，拥有720余名博士及博士后人员，科研经费丰富。其 21个实验室在科技成果转化方面发挥着非常重要的作用。其实验室大多为国家科研机构（法国国家研究中心（CNRS）、国家计算机与自动化技术研究院 （INRIA）、国家农学研究院（INRA）、国家健康与医学研究院（INSERM）、法国交通和安全研究院（INRETS）的合作研究单位。里昂中央理工学院（Ecole Centrale Lyon） ，工程师学院，著名精英学校，为法国中央理工学院的创始成员。共有11个实验室，其中8个为法国国家科研中心联合实验室。里昂中央理工学校和工业界联系紧密并培养适应市场需求的人才。多年来，为工业界培养了大批高级工程师和领导人。此外，里昂大学的主要学院还有里昂政治学院（Sciences Po Lyon）、农业工程学院（Veragro Sup）、市政工程学院(Ecole National des Travaux Publics de l'Etat)、圣太田国立工程学院（Ecole National d'Ingénieurs de Saint-Étienne）、法国国家科研中心（里昂地区）（Centre National de Recherche Scientifique）等 。