教育学部経済学部医学部歯学部薬学部工学部环境科学部水产学部医疗技术短期大学部(因为改组为四年制医学部保健学科，2002年度以后停止招生） 教育学研究科教职实践专业（专业学位课程，教职大学院）教科实践专业（修士课程）经济学研究科（博士前期课程·博士后期课程）工学研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）综合工学专业（博士前期课程）生产系统工程专业（博士后期课程）绿色系统创建科学专业（5年一贯博士课程）水产·环境科学综合研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）水产学专业（博士前期课程）环境保全设计专业（博士前期课程）环境共生政策学专攻（博士前期课程）海洋环境资源学专攻（博士后期课程）海洋场生命科学专业（5年一贯博士课程）医齿药学综合研究科修士课程热带医学专业保健学专业生命科学专业药博士课程医疗科学专攻新兴感染症病情控制学系专业放射线医学科学专攻博士后期课程生命科学专业药国际健康开发研究科（修士课程）国际健康开发专业附直研究所长崎大学热带医学研究所（坂本，通称：热研）