北京交通大学目前有两个中外合作办学的专业，其中纳米材料与技术专业学费在学校本部学习期间每学年48000元，在加拿大滑铁卢大学学习期间学费标准按当年度该校学费标准缴纳；机械电子工程专业学费在学校本部学习期间每学年42000元，在卧龙岗大学学习期间的费用按照对方标准收取；纳米材料与技术、机械电子工程专业学生在外方学习期间保留我校学籍，每年按照国内同级理工科在校生学费标准的一半缴纳学费。