大学的产生同样是中世纪盛期教育繁荣的一个方面。

就起源而论，大学是提供普通的主座学校不能提供的对高深研究进行指导的机构。这些高深研究包括高深的文科七艺和对法律、医学和神学的专门研究。意大利最早的大学是博洛尼亚大学，它在整个12世纪期间脱胎成形。虽然博洛尼亚大学也传授文科教程，但自12世纪产生到中世纪结束一直以欧洲研究法律的主要中心而享有盛誉。在阿尔卑斯山脉以北，最早、最著名的大学是巴黎大学。与其他许多大学一样，巴黎大学一开始时是主座学校，但在12世纪它开始成为北方公认的知识学术生活的中心。出现这种情况的一个原因是学者们感受到了日益强大的法国王权所提供的进行学术研究所必需的和平安定的环境；另一个原因是该地农产品丰富，食物充裕；第三个原因是12世纪上半叶当时最具魅力、最引起争论的教师皮埃尔．阿贝拉尔(1079—1142年)在此巴黎主座学校任教。阿贝拉尔是在法国经院哲学家，关于他在思想文化方面的成就，我们将在下文论述。欧洲各地的学生蜂拥前来听他讲课。据当时一个荒诞不经的传说，由于他的有争议的观点，阿贝拉尔被禁止在法国土地上执教，他就爬上一棵树，学生们围坐在树下听他讲课；当他被禁止从空中讲课时，他就开始在船上讲课，学生们聚集在两岸聆听他的教诲；由此可见阿贝拉尔是多么地激动人心。由于仰慕阿贝拉尔的声誉，其他许多教师也在巴黎大学定居下来，开始进行比其他任何主座学校都要形式多样和先进的教学活动。到了1200年，巴黎大学发展成为专门教授文科七艺和神学的大学。大约在这一时期，曾在巴黎大学受教的英诺森三世教皇把这所学校称为“为整个世界烤制面包的烤炉”。