目前，牛津共有39个学院，它们和学校的关系就象美国中央政府与地方政府的关系那样采用联邦制形式。

每一所学院都由HeadofHouse和几个Fellows管理，他们都是各种学术领域的专家，其中大多数在学校都有职位。6个准学院（称为“永久性私人学堂”-PermanentPrivateHalls、为各宗教教派所办），至今还保留着它们的宗教特许状。此外还有一个继续教育学院。在35个学院中，众灵学院目前没有学生，只有院士（包括访问院士）。各学院规模不等，但都在500人以下，学生、教师（院士）来自不同的专业学科。除学院外，牛津大学的教学和研究活动（尤其是后者），主要由学部来组织，学部不是大学内的自治单位，它们都是跨学院的机构，不附属于任何一个学院，不过各学部的教师和学生，首先必须是牛津大学内某一学院的一员。牛津现有16个学部：人类学和地理学学部，生物科学学部，临床医学学部，英语和文学学部，法学学部，经典、哲学和古代历史学部，数学学部，中世纪和现代语言学部，现代历史学部，音乐学部，东方学学部，物理科学学部，生理科学学部，心理学学部，社会学学部，神学学部，文科学部下一般不再分系，理科学部下又分成30多个系，有的学部还设一些中心和研究所。此外，有的研究所（如教育研究所，招收有研究生）不隶属于上述各学部，而直属于大学。牛津的研究力量雄厚，在其教师队伍中，就有83位皇家学会会员，125位英国科学院院士。在数学、计算机科学、物理、生物学、医学等领域，它都名列英国乃至世界前茅。近些年来，牛津不仅在文科而且在理科、不仅在基础科学而且在应用科学研究中都取得了举世瞩目的成就。在生物医学领域，自从弗雷明在伦敦发现青霉素后，本世纪40年代牛津的科学家弗罗里和蔡恩就将它投入临床应用，结果3人共享诺贝尔奖。今天用得最广的抗生素，1955年为牛津的爱德华·阿布拉罕发现。牛津也致力于将分子生物学应用于临床，将核磁共振原理应用于医疗诊断，在发现人体的免疫瓜系统和应用基因工程技术于临床问题方面，牛津亦起领导作用。该校在艾滋病毒、移植手术和遗传病研究等方面也很有潜力。1987年斯奎波父子公司赠予该校药学系2，000万英镑，以支持他们的研究工作。在环境科学领域，牛津的研究涉及森林史、气候变化、遥感、土地利用、野生动物保护、家畜管理、污染、腐蚀、沙漠侵犯等众多课题。