学校设有15个院（系），包括人文与社会科学学院、教育学院、医护学院、公共卫生学院、科学学院、工程学院、艺术学院、文学院、海洋技术学院、研究生院、宝石学院、海事学院、商学院、公共管理学院和运动科学学院。

东方大学设有50个本科专业、30个硕士专业、3个博士专业。另外，每年还提供一些短期培训课程计划。