北大附中深圳南山分校创办于2000年5月20日。由深圳市南山区教育局和北京大学附属中学联合创办，是为明教育集团开办的第一所寄宿制国有民办学校。有六十多人以优异成绩先后考入英国剑桥大学、美国图兰大学、加拿大多伦多大学、澳大利亚悉尼大学、日本早稻田大学等国外知名学府深造，有二百多人考入国内北大、清华、中国人大、香港大学等重点大学学习。先后被评为：“广东省一级学校”、“广东省首届十佳民办学校”“国家首届教育科研百强校”、“广东省普通高中教学水平优秀学校”、 “广东省现代教育技术实验学校”、深圳市2011-2014年（高尔夫）体育传统项目学校、“南山区教育现代化示范校”、“南山区泛在学习实验学校”。