佛罗里达大西洋大学是一个分布式大学，坐落在遍布棕榈滩县、布劳沃德县和圣卢西亚县的7个校园中，所服务的地区一共有超过300万居民。

大学主校园位于棕榈滩县的博卡拉顿市，还有一个位于该县朱庇特市的约翰·D·麦克阿瑟校园（John D. MacArthur Campus）。而在布劳沃德县则有3个校园，分别位于达尼亚滩、戴维和劳德代尔堡。大学还在圣卢西亚县的两个城市各拥有一个校园，分别是圣露西港和匹尔斯堡。2008年，除了到大学校园内参加课程的学生外，还有1612位学生通过互联网或其它手段进行远程学习和研究，占学生比例的6.06%。佛罗里达大西洋是美国学院和大学校长气候承诺协会为促进高等教育可持续发展的签约成员。这一承诺将确保机构的所有新建筑项目符合美国绿建筑协会的领先能源与环境设计银级认证标准。 博卡拉顿佛罗里达大西洋大学的主校园位于博卡拉顿，是1964年在美国二战时使用的一处废弃空军基地上建立起来的。所处地点横跨大西洋沿岸3.5平方公里，位于棕榈滩和劳德代尔堡两座城市之间。校园于1971年由奥杜邦学会指定为穴鸮的庇护所，由于这个校园内很少有其猎食者，因此对这种猫头鹰很有吸引力。大学靠近博卡拉顿机场，之前还是个二战期间的空军基地，因此其植被已经被清除。“这种易怒但传统上象征着智慧和决心的鸟，成为了大学的吉祥物”。博卡拉顿校园拥有种类繁多的大学课程和设施，包括实验室、教室、学生公寓、电影院、体育和娱乐设施，还有一个由学生经营的胡特/威斯顿唱片和一个容量达22.71立方米，用来进行水生生物研究的鲨鱼水箱。除了学术和文化项目，校园也拥有全美大学体育协会最高级别的美式足球队。主校园内有约19077名学生，占到整个大学学生总数的70%，提供多种学术课程、活动和服务。佛罗里达大西洋与客厅剧场公司（Living Room Theatres, Inc.，简称LRT）有一个独特的公私合作项目，建有全国首个，并且截止2013年5月仍然是唯一的一个校内全数字化电影院。整个校园内一共有4个由这家公司负责运作的小型电影院，每一个有50个座位和一个欧式咖啡厅，白天由大学的电影学习课程使用或进行多媒体教学，晚上则面向公众放映别国、经典或独立制片电影。为了努力给博卡拉顿主校园营造一个更为传统的第一志愿大学氛围，佛罗里达大西洋正在开发一个名为“创新乡村”（“Innovation Village”）的项目，其中包括新的学生宿舍、健身/休闲中心、校友中心、餐厅、商店、停车场，还有一个拥有3万个座位的大学美式足球场，该足球场将成为佛罗里达大西洋猫头鹰美式足球队的主场。截止2011年夏，学校已经建成了体育场、休闲和健身中心，玛琳与哈罗德·弗卡斯校友中心和第一阶段的创新乡村学生公寓，可容纳1000辆汽车的新地下停车场也计划于2012年7月动工并在2013年4月投入使用。体育场的建设最初引发了大学和博卡拉顿市政府间的争议。2002年，大学与市政府曾签署一份协议，要求在校园内建设一个体育场前就应该有一个佛罗里达州95号州际公路的附加立交桥动工。然而，这座将为佛罗里达大西洋北部区域提供服务的立交桥计划要到2014年才会开始建设。博卡拉顿校园里还有多个其它机构，包括亚历山大·D·亨德森大学学校（初级中学），佛罗里达大西洋大学高中，两所佛罗里达大西洋研究园之一和终身学习协会。朱庇特：约翰·D·麦克阿瑟校园除了位于棕榈滩县南部的博卡拉顿校园，佛罗里达大西洋大学还在该县北部的朱庇特拥有一个约翰·D·麦克阿瑟校园。这个校园以商人、慈善家约翰·D·麦克阿瑟（John D. MacArthur）命名。校园建立于1999年，主要为棕榈滩县中部和北部以及马丁县南部居民提供服务。校园占地0.18平方公里，有8个教室，一个图书馆，一个有500个座位的礼堂，两座宿舍，一个食堂，一个博物馆大楼，另外还有办公楼等。校园也是哈里特·L·威尔克斯荣誉学院，佛罗里达斯州克里普斯研究所和马克斯·普朗克佛罗里达学会所在地，一共有约1262名学生，占整个大学的4%。 达尼亚滩：“海洋科技”位于达尼亚滩的校园又称“海洋科技”（“SeaTech”），是一个由州政治资助，始建于1997年的II型研究中心。该研究中心是佛罗里达大西洋大学海洋工程系的一部分，这个系于1965年成立，是全美第一个海洋工程本科课程。校园座落在大西洋和内陆水道之间，占地0.03平方公里。校园的教师和学员参与获得赞助的海洋工程研究和开发，涉及领域包括声学、海用车辆、流体动力学、物理海洋学、船用材料和纳米技术。校园内有约70名学生，占大学学生总数不到1%。戴维戴维校园建立于1990年，位于布劳沃德县西部，占地0.15平方公里。校园内有3488名学子，约占大学学生总数的13%，在所有校园中仅次于博卡拉顿主校园名列第二位。校园内设有一个多层的学生活动中心，并配有办公室供学生会和学生社团使用，还有一个多用途区域和学生休息室，一家书店和自助餐厅。学生活动中心还包括一个学生保健中心，提供医疗服务和健康咨询。戴维校园也是“聚焦恢复佛罗里达大沼泽地的环境研究计划”项目所在地。校园内提供的课程包括设计与社会调查、艺术与文学、商学、护理学和科学。戴维校园座落在布劳沃德学院的中心校园内，学生可以先进入布劳沃德学院读大一，之后可以通过选择超过14门学科从佛罗里达大西洋获得本科学历。戴维校园内有超过29264平方米精心设计的教室，还配有实验室和供教师及学生使用的办公室，并且还有一个面积约为10405平方米，由大学和布劳沃德学院共同使用的图书馆。校园内的其它设施有：一个共享的儿童看护中心，一个学生保健中心和一个多用途学生活动中心。学生事务处还会提供丰富多样的学生活动计划。学生可以获得他们需要的多种服务，包括事业咨询、健康、辅导、卫生服务、检测与评估，学生会和财政资助等。就像一个大型大学中的小型学院一样，戴维校园被视为是佛罗里达州乃至全美的一个分校“模型”。劳德代尔堡佛罗里达大西洋大学在劳德代尔堡市中心拥有两幢大楼，分别是艾斯丘大厦（The Askew Tower，简称AT）和高等教育综合大楼，两者均是位于拉斯·欧拉斯大道的劳德代尔堡校园的一部分。校园开办有通讯、平面设计、建筑，城市与区域规划课程，学生总数约为900人，大概是整个大学学生人数的3.2%。 圣露西港：珍宝海岸校园佛罗里达大西洋座落在圣露西港的校园名为珍宝海岸（Treasure Coast），该校园与当地的印第安河州立学院结成了合作伙伴关系。自20世纪70年代起，大学就在这里与该学院合作，让学生可以从副学士进修到本科或研究生学位。1994年，佛罗里达大西洋大学从圣露西港购买了0.2平方公里的土地，在与印第安河州立学院一起建设新的联合设施前先在已有设施基础上运作了8年。新的设施面积约为9300平方米，由两个院校共同使用。珍宝海岸校园有约738名学生，占整个大学的3%。匹尔斯堡：海港分支海洋学研究所除了珍宝海岸校园外，佛罗里达大西洋大学在匹尔斯堡的海港分支海洋学研究所还开设了一个校园，该所于2007年与大学合并，成为佛罗里达大西洋大学海港分支海洋学研究所。佛罗里达州议会拨款4400万美元给大学收购了这家机构及其2.4平方公里的校园。