作为一个北美地区少数尚存的书院联邦制大学（类似于牛津大学），除常规架构外，多伦多大学目前下属有12所本科书院，各有不同的历史和特点，享有较大程度的独立财务和管理权，在市中心的主校园外，多伦多大学还有多伦多大学世嘉堡校区与多伦多大学密西沙校区两个卫星校园。